Rémi Mauger a réalisé Paul dans sa vie dans la ville de son enfance, la Hague, ville connue pour son usine de retraitement. Implantée dans les années 60, l'usine a totalement redessiné le paysage urbain, changé les mentalités des habitants de la Hague et transformé leurs activités. En 2000, Mauger a réalisé un documentaire, Atomes crochus, qui en relatait les conséquences. Selon lui, cette réalisation fut "un travail de "mémoire" qui racontait quarante années d'aménagement forcé du territoire mais j'avais envie d'autre chose, d'une autre trace".
Il songe alors à Paul, un paysan qui, malgré les mutations de la Hague, est resté fidèle à des valeurs traditionnelles. "Je le voyais sur son tracteur. J'en avais, comme beaucoup de gens, une image très pittoresque". On l'informe cependant que Paul a décidé de mettre fin à l'activité familiale, et qu'il doit donc se dépêcher. Après avoir parlé de son projet au paysan, qui n'a finalement pas l'air si pressé que ça de se mettre à la retraite, celui-ci accepte mais le prévient "C'est un film que tu veux faire ? Tu vas te donner bien du mal. Les gens doivent nous trouver folkloriques. Mais moi, je ne suis pas dans le folklore, je suis dans ma vie".
Paul dans sa vie devait initialement être diffusé à la télévision, sous le format de deux téléfilms de 52 minutes (qui ont d'ailleurs été diffusés une fois au milieu de la nuit sur quelques antennes régionales de France 3). Mais après avoir reçu de nombreux prix pour son , Rémi Mauger décide qu'il mérite une sortie au cinéma. Il témoigne : "Symboliquement et matériellement la transposition en 35 mm offre une pérennité. Et une vraie résonance entre l'objet et son contenu. Quoi de plus naturel pour un film qui nous parle d'héritage, de transmission, pour un film qui nous parle du temps de pouvoir être vu le plus longtemps possible ?"
Rémi Mauger et Guy Milledrogues, son chef opérateur, ont essentiellement tourné Paul dans sa vie pendant l'été 2003, été qui fut particulièrement sec et ensoleillé (un climat inhabituel en Normandie, où les conditions sont plus rudes). La majorité des participants furent de part ce fait beaucoup plus disponibles et attentifs aux demandes de l'équipe. Le rythme de tournage avait été fixé à 2 à 3 jours par mois, en fonction des travaux agricoles de Paul. Avec un seul impératif, comme l'explique Guy Milledrogues : "Il fallait simplement être plus rapide que lui pour trouver le bon endroit où placer la caméra. Car pour un homme qui disait arrêter son activité, Paul faisait preuve d'une belle énergie. (...) Dans le cadre, c'est un vrai bonheur. Avec Paul pas besoin de mise en scène."