A l'origine de La Vallée des fleurs, Nalin Pan souhaitait raconter une histoire d'amour. Il travaillait sur quelques idées lorsqu'il a découvert par hasard le livre d'Alexandra David Neel, Magie d'amour et magie noire. Cet ouvrage l'a énormément inspiré et c'est ainsi que La Vallée des fleurs a commencé à prendre forme.
Nalin Pan aime travailler et retravailler le temps. "Le temps est, pour lui, le plus fascinant des éléments, il gouverne toute notre existence, mais comment recréer toute une vie dans l'espace d'un film ? C'est pour cela, poursuit-il, que je voulais que les amants de La Vallée des fleurs vivent à travers les siècles, jusqu'au moment où l'on réalise que les amants ne sont pas éternels, mais que l'amour, si."
Dans la séquence de "la marche dans le temps", Nalin Pan ne voulait utiliser ni effets visuels numériques ni images de synthèse, mais travailler sur le son et l'articulation des images pour évoquer différentes époques s'étendant sur deux siècles. Cette scène a été tournée sur plusieurs semaines dans plusieurs lieux différents en Inde, au Japon et en Allemagne. Le cinéaste avait décidé d'avancer de dix ans en dix ans à chaque coupe, chaque plan, pour couvrir la durée des deux siècles.
Nalin Pan se souvient de la façon dont a été conçu le casting du film : "Nous avons effectué le casting dans différents pays, et j'ai finalement trouvé l'acteur indien Milind Soman pour jouer Jalan. Après avoir auditionné quelque 400 actrices, j'ai découvert l'actrice francochinoise Mylène Jampanoï pour le personnage d'Ushna dans la partie indienne et une actrice japonaise, Eri Yoshimoto, pour incarner la Ushna contemporaine à Tokyo. Et c'est la grande star indienne Naseeruddin Shah qui joue le Yéti. J'avais aussi des acteurs non professionnels, et des nomades et des gitans pour jouer les bandits, ainsi que des acteurs tibétains pour certains seconds rôles. Le casting le plus étonnant est celui de Sadhus et Aghoris qui sont effectivement des ascètes himalayens."
La Vallée des fleurs marque la troisième collaboration de Nalin Pan avec le compositeur Cyril Morin, celui-ci ayant travaillé sur la musique des deux précédénts longs métrages du cinéaste : Samsara (2002) et Ayurveda (2005).