Vert paradis est le premier long-métrage d'un fidèle collaborateur d'Arnaud Desplechin. Emmanuel Bourdieu a en effet travaillé avec le réalisateur sur Comment je me suis disputé... (ma vie sexuelle), Esther Kahn et Léo en jouant "Dans la compagnie des hommes". Cet ancien universitaire a cosigné plusieurs autres scénarios, parmi lesquels Place Vendôme de Nicole Garcia, et réalisé le moyen-métrage Candidature, Prix Jean-Vigo 2001.
Vert paradis est un projet de longue date pour Emmanuel Bourdieu. Au cours de l'écriture, l'histoire a beaucoup évolué, comme l'explique le cinéaste : "Il y a plus de dix ans, quand Denis Podalydès et moi-même avons commencé à écrire la première version du scénario, Vert paradis s'inscrivait dans le registre du film anthropologique, hésitant à la frontière de la fiction et du documentaire. Au fil des années, c'est devenu ce qu'on pourrait appeler un "suspense sentimental", c'est-à-dire un suspense dont l'enjeu n'est pas la résolution d'une énigme policière, mais celle d'un quiproquo, d'un malentendu amoureux."
Vert paradis est la nouvelle étape d'une collaboration déjà ancienne entre le réalisateur Emmanuel Bourdieu et Denis Podalydès, coscénariste et comédien du film. Podalydès était déjà le personnage central de Candidature, moyen-métrage qui était sorti en salles en 2001, avec en complément de programme Les Trois théâtres , court-métrage documentaire qui suit le travail quotidien de Podalydès. Bourdieu a également collaboré aux scénarios d'Il est plus facile pour un chameau... et Comment je me suis disputé... (ma vie sexuelle), deux films dans lequel on retrouve le même comédien. Par ailleurs, au théâtre, Denis Podalydès a mis en scène et interprété Je crois ? et Tout mon possible, deux pièces écrites par Emmanuel Bourdieu.
Le héros de Vert paradis est un jeune sociologue parisien, une activité qui n'est pas étrangère à l'univers du réalisateur. Emmanuel Bourdieu est en effet le fils de Pierre Bourdieu, l'un des sociologues français les plus influents du XXe siecle. Né en 1930 et décédé en 2002, Bourdieu, d'origine rurale comme le personnage du film, a analysé la reproduction des inégalités sociales, en forgeant des concepts comme la "violence symbolique" ou le "capital culturel", et en appliquant ses théories à des champs tels que l'école, l'art ou télévision. Dans les années 90, l'observateur s'engage dans la vie publique, en soutenant les mouvements de sans-papiers ou de chômeurs. En 2001, Pierre Carles filmait longuement le sociologue dans un documentaire sorti en salles, La Sociologie est un sport de combat.
En décembre 2003, soit deux mois avant sa sortie en salles, une version raccourcie de Vert paradis a été diffusée sur Arte sous le titre Cadets de Gascogne. La chronologie du récit n'est pas la même dans les deux films, et le personnage de la petie amie de Simon n'existe pas dans le téléfilm.
Emmanuel Bourdieu évoque un trait de caractère qu'il partage avec ses comédiens : "Denis, Natacha, Clovis et moi sommes très différents, mais nous avons en commun une même approche des sentiments. Nous avons un même fond romanesque, presque fleur bleue, et en même temps la conviction que ce n'est pas intéressant de déballer ça, tel quel, mais qu'on a intérêt, au contraire, à le contenir le plus possible, à le masquer, et si ça transparait malgré tout, à s'en excuser, comme de quelque chose de gênant qu'on craindrait d'imposer aux autres."
Le pari du cinéaste avec Vert paradis est de filmer le cheminement de la pensée des personnages : "Ce qui me touche, ce n'est pas de voir des gens avoir des émotions, aussi fortes soient-elles, c'est de les voir penser, c'est de voir leurs émotions naître de leurs pensées ", explique-t-il. "Le temps de la pensée, le rythme qu'elle impose au dialogue et à l'action sont éminemment perceptibles dans le jeu des comédiens. Une pensée, une peur, un espoir, une décision, n'est pas moins cinématographique qu'une action. La pensée se passe en surface, à la surface des gestes, des expressions et des mots."