Le film est une adaptation du livre d'anticipation Babylon Babies, de Maurice G. Dantec. Mathieu Kassovitz a changé le titre pour son film car le mot "bébés" dans le titre le gênait. Il ne voulait pas donner trop d'informations sur le film : BABYLON A.D. signifie l'ère de Babylone, la ville de tous les pêchés. Et puis cela me permettait de faire un beau logo B.A.D. !
Mathieu Kassovitz a découvert le roman de Maurice G. Dantec en 2002. Je l'ai lu en une ou deux nuits. Et je me suis dit que cela ferait un bon film... de 6h00 ! Pour un budget de 500 millions d'euros !Pour pouvoir le produire, j'avais compris qu'il me fallait une star américaine et qu'il fallait donc que je fasse un film qui génère du box office sur le territoire américain. Joel Silver, le producteur de Matrix, m'a proposé de réaliser Gothika avec Halle Berry, l'actrice qui venait de recevoir l'oscar, plus Penélope Cruz et Robert Downey Jr.. Cela a marché et cela m'a donc permis d'imposer Babylon A.D. au niveau de la structure de production, sans aller avec mon scénario à Hollywood pour le vendre à un Studio.
Selon Mathieu Kassovitz, l'une de ses références cinématographique pour ce film était Blade Runner. Pas tant sur la forme que sur le fond. Quand on regarde Blade Runner, on voit d'abord un film de science fiction et d'action. Mais au fond il parle de Dieu, de notre existence sur cette planète, de la création... Ilan Goldman, le producteur, se dit lui passionné par le thème de la foi traité dans le film : Beaucoup de gens ont besoin de croire. Et, de fait, certaines personnes utilisent la religion pour essayer d'apaiser les âmes et d'autres veulent en faire du business. Cela m'intéressait de participer à un film qui dénonce ce phénomène ainsi que la volonté sécuritaire de certains pays.
Deux montages différents existent pour la fin du film : aux Etats-Unis, c'est la Fox, le distributeur, qui bénéficie du final cut, alors qu'en Europe Mathieu Kassovitz a gardé son director's cut.
Les internautes ont pu participer à un concours pour le moins original : le Bad Mathieu Kassovitz Babylone Ad. La société de production MNP (la société de Mathieu Kassovitz) proposait de créer de fausses publicités ayant pour objectif de révéler la consommation à outrance. Les gagnants, Sophiane et Kamel, deux dignois, ont vu leur publicité affichée dans une scène du film et leur nom crédité au générique au côté des stars internationales que sont Vin Diesel ou Michelle Yeoh.
En tournage à Prague, l'équipe devait tourner pendant 8 à 10 jours des scènes sous la neige. Mais Prague a connu début 2007 son hiver le plus chaud depuis deux siècles. Certains acteurs comme Charlotte Rampling sont rentrés chez eux en attendant d'être appelés dès lors que l'équipe aurait trouvé un lieu enneigé. Le tournage a finalement repris un mois plus tard. Mais au mois d'avril, toute l'équipe du film s'est fait renvoyer des studios praguois par...le prince Caspian ! Le tournage de Narnia 2 - Prince Caspian devait commencer, et l'équipe avait réservé les studios à la suite de Babylon A.D....
Babylon A.D. a bénéficié d'une large couverture sur internet : pas moins de quatre sites officiels (français, américain, espagnol et allemand), un myspace et un blog officiels.
C'est la deuxième adaptation au cinéma d'une oeuvre de Maurice G. Dantec après La Sirène rouge, d'Olivier Megaton (Le Transporteur III) avec Jean-Marc Barr et Asia Argento en 2002.
C'est la troisième collaboration du chanteur de hip hop Doudou Masta et de Mathieu Kassovitz. Doudou Masta a en effet participé aux bandes originales de La Haine et de Metisse avant de doubler Vin Diesel dans Babylon A.D.
C'est Alain Figlarz, géant français de la cascade mondiale, et inventeur de la Figlarz Action, société de cascadeurs, qui est le régleur et le chorégraphe des cascades sur le film. Il avait notamment entraîné et doublé Matt Damon pour son rôle physique de la mémoire dans la peau, ou réglé les cascades de Nid de guêpes. Un autre français, David Belle, a coordonné les cascades " parkour ", qui est l'art de se déplacer en évitant tous els obstacles sur son chemin. Les deux hommes s'étaient déjà croisé sur le tournage de Femme Fatale, de Brian De Palma, où ils officiaient tous les deux en tant qu'acteurs.