Histoire de Marie et Julien a été présenté en sélection officielle au Festival de San Sebastian.
Histoire de Marie et Julien est un projet qui date de 1975. Jacques Rivette avait demandé à son assistante de l'époque, Claire Denis, de rédiger ce qu'il appelle une "continuité technique" à partir de discussions avec les comédiens, Albert Finney et Leslie Caron
Douze ans après La Belle Noiseuse, Jacques Rivette retrouve Emmanuelle Béart, qui avait refusé le rôle principal de son précédent film, Va savoir, finalement interprété par Jeanne Balibar.
Dans le numéro 400 des Cahiers du Cinéma, en 1987, Wim Wenders demandait à plusieurs réalisateurs de parler de leurs projets avortés, de leurs tournages inachevés. Dans sa réponse, Jacques Rivette parlait d'un seul film, dont le "titre provisoire" était... Histoire de Marie et Julien: "Mon seul vrai regret depuis trente ans - plus qu'un regret, c'est un remords - c'est un film qui, lui, a été commencé, que l'on a tourné deux jours, et qui a été interrompu le troisième. C'était l'été 1975, le troisième tournage de la série "Scènes de la vie parallèle" (...) Il faisait très chaud. On était tous épuisés par la chaleur (et moi, en plus, par les deux tournages précédents); bref, j'avais, de façon stupide, présumé de mes forces, et le troisième jour de tournage, je suis tombé malade, le film a été arrêté, et tout a été perdu (...) Que Leslie et Albert, si ces lignes leur tombent sous les yeux, sachent que ce film mort-né est le plus grand regret de me vie de cinéaste - et les avoir ainsi abandonnés, au début de notre aventure commune, mon plus grand remords de metteur en scène."
Le texte rédigé par Claire Denis, et qui devait servir de base au tournage (avorté) du film en 1975, a été publié en 2002 avec deux autres scénarios inédits de Jacques Rivette sous le titre Trois films-fantômes. C'est en relisant les épreuves de ce livre que le cinéaste a eu l'idée de reprendre le projet: "Je me suis aperçu que Marie prenait peu à peu, dans mon esprit, la silhouette, le regard, la voix d'une comédienne avec laquelle j'avais déjà travaillé il y a une dizaine d'années", raconte-t-il. Cette "revenante" a pour nom Emmanuelle Béart...
Pour Histoire de Marie et Julien, Jacques Rivette a de nouveau fait appel à Jerzy Radziwilowicz qui était déjà à l'affiche de Secret défense, (1997), à Nicole Garcia qu'il avait dirigée dans Duelle (1976). ainsi qu'à Olivier Cruveiller, vu dans Hurlevent et le diptyque Jeanne la Pucelle (Les Batailles et Les Prisons).
"Il est, bien sûr, très passionnant de travailler pour la première fois avec un comédien, une comédienne que l'on ne connaît que par les différents films, les personnages successifs dans lesquels on a pu le ou la voir. Mais il est peut-être, pour moi, encore plus intéressant, et plus émouvant, de re-travailler avec tel ou telle, après plus ou moins longtemps, à la condition, bien sûr, que cette nouvelle rencontre se fasse "vers", et "pour", un personnage aussi différent que possible que celui, ou ceux, nés de nos précédentes approches. "
Le scénario a été une nouvelle fois écrit par Christine Laurent et Pascal Bonitzer, vieux complices du cinéaste. Bonitzer a cosigné le scénario de tous les films de Jacques Rivette depuis L'Amour par terre en 1984. Il a été rejoint, à partir de La Bande des quatre en 1988, par Christine Laurent, qui a été coscénariste sur tous les films suivants de Rivette, à l'exception de Secret défense, coécrit par la réalisatrice Emmanuelle Cuau.
Ce film devait faire partie d'une tétralogie baptisée Scènes de la vie parallèle puis Les Filles du feu, entamée par Jacques Rivette il y a plus de vingt-cinq ans avec Duelle et Noroit. Le quatrième film de ce cyle devait être une comédie musicale.
Après la légèreté de Va savoir, Histoire de Marie et Julien est un film sombre, à la lisière du fantastique. Jacques Rivette renoue avec la veine de Secret défense ou Hurlevent. "Disons que c'est la règle de l'alternance: après une comédie, un film grave", explique le réalisateur.