Chouchou est née de l'imagination de Gad Elmaleh quand celui-ci remarque un jour un travesti perruqué de Pigalle avec un accent à la fois effeminé et maghrébin. Il développe cette idée dans son one-man-show "La Vie normale" en créant le personnage de Chouchou, un travesti en pleine dépression "qui travaille Place Clichy". Ce sketch deviendra l'un des plus célèbres du comédien français, régulièrement sous le feu des rappels du public.
C'est un ami de Gad Elmaleh, le réalisateur Merzak Allouache, qui pousse l'artiste à transposer le personnage de Chouchou de la scène au grand écran, idée qui avait déjà germée dans l'esprit du comédien. Emballés par le projet, les deux hommes ont commencé à réunir leurs idées en vrac puis à coordonner la structure du scénario.
Avant d'être à l'affiche de Chouchou, Gad Elmaleh et Alain Chabat étaient tous deux des éléments réguliers du jeu Burger Quiz de Canal +, le premier simple candidat occasionnel tandis que l'autre animait régulièrement l'émission. Pourtant, quand Alain Chabat dut arrêter temporairement la présentation de l'émission pour assurer la promotion de son Astérix et Obélix : mission Cléopâtre, il confiera les rênes du jeu pendant quelques temps au comédien.
La référence comique chez les comédiens pour Gad Elmaleh est Louis De Funès. Celui-ci s'est d'ailleurs également travesti au cinéma, que ce soit dans La Folie des grandeurs ou L'Aile ou la cuisse.
Gad Elmaleh le concède volontiers : se transformer sur le plateau en Chouchou relevait pour le comédien du calvaire : deux heures de préparation quotidiennes avec épilation, les perruques, le maquillage des yeux, les chaussures à talon... qui au bout d'un moment se sont révélées insupportables : le comédien a ainsi un beau jour craqué sur le plateau, et a arraché sa perruque.
Chouchou donne l'occasion à Merzak Allouache de diriger pour la seconde fois Gad Elmaleh après Salut cousin ! en 1995.
Micheline Presle, qui joue le rôle de la mère fantasque de Stanislas / Alain Chabat dans Chouchou, a été appelée par Gad Elmaleh. Celui-ci est en effet sensible au souvenir de la comédienne, puisqu'elle était venue dans sa loge après l'une de ses représentations de "La Vie normale" au Casino de Paris pour l'embrasser.
Claude Brasseur et Roschdy Zem avaient déjà collaboré ensemble sur le tournage de L'Autre Côté de la mer en 1997. Alors qu'il avait écrit le rôle de frère Jean pour Roschdy Zem, Gad Elmaleh avoue d'ailleurs que c'est en voyant ce film qu'il a pensé à confier le rôle du Père Léon à Claude Brasseur.
La musique de Chopin, qu'on peut entendre dans Chouchou, est un élément indispensable de la mise en scène d'un spectacle de Gad Elmaleh. Son père, qui était mime dans les cabarets du Maroc, utilisait en effet cette musique lorsqu'il entrait en scène. Depuis, Gad Elmaleh fait toutes ses entrées sous les traits de Chouchou avec cette musique.
Le comédien Arié Elmaleh, qui interprète dans Chouchou l'extravagante Vanessa, n'est autre que le frère de Gad Elmaleh.