L'idée de tourner 28 jours plus tard en vidéo numérique émergea dès les premières étapes du développement du script. "La vidéo numérique introduit une ambiance et une esthétique décalées. Elle apporte un look interessant à cette science-fiction réaliste et nous a fourni un instrument très fléxible, particulièrement adapté aux scènes de rues qui necessitaient une grande vitesse d'exécution". (Andrew MacDonald producteur du film)
C'est Alex Garland, auteur de La Plage, précédent film de Danny Boyle, qui est le scénariste de 28 jours plus tard. Celui-ci définit ainsi son histoire :"28 jours plus tard se situe au croisement du film de guerre, du film de zombies des soixantes-dix et de la S.F. anglaise, notamment de J.G Ballard et John Wyndham."
Le tournage de 28 jours plus tard, d'une durée de 9 semaines, débuta le 1er septembre 2001. Deux mois plus tôt, l'équipe avait filmé les déambulations de Jim dans un Londres d'apocalypse. Opérant aux premières lueurs de l'aube, elle avait bénéficié d'une circulation réduite et avait pu bloquer sans peine certains axes de la capitale. La scène du panneau de photos et messages personnels fut tournée à Piccadilly Circus, quelques jours avant les attentats du 11 septembre.
28 jours plus tard est né, comme Petits Meurtres entre amis (1994), Trainspotting (1996), Une vie moins ordinaire (1997), et La Plage (1999), de la collaboration du réalisateur Danny Boyle et du producteur Andrew MacDonald.
Les producteurs choisirent délibérément des acteurs encore peu connus pour les rôles principaux. Pour le rôle de Jim, Danny Boyle choisit Cillian Murphy, dont l'apparence candide convenait au personnage. Pour interpréter le rôle de Selena, c'est l'actrice Naomie Harris qui est choisie, son élégance et son énergie faisant la différence selon le réalisateur.
Le réalisateur britannique Danny Boyle accorda d'emblée une attention particulière à l'apparence physique des victimes de l'infection. Le virus du film s'apparente en partie à celui du virus Ebola, caractérisé par une fièvre hémorragique hautement contagieuse. Les contaminés ont en plus les yeux injectés de sang, effet obtenu par le port de lentilles de contact spéciales. De plus, Danny boyle a fait appel à des athlètes pour donner un caractère physique et bestial aux contaminés.