Koji Yamamura n'a réalisé que des court-métrages dans sa carrière de cinéma. Il est considéré comme l'une des figures importantes de l'animation japonaise indépendante.
En 1993, il crée son propre studio et remporte plusieurs prix pour son film d'animation de dix minutes intitulé "MT. Head (Atama Yama)" dont le Grand prix du festival d'Annecy en 2003, et une sélection aux Oscars la même année.