Salué pour son précédent film L'Ombre du vampire, E. Elias Merhige était fasciné par l'idée de vision à distance depuis des années. Il pensait que c'était le concept idéal pour raconter l'histoire de Suspect zero et exploiter toutes ses nuances psychologiques.
Il explique : "J'aime les histoires qui s'intéressent à tout ce qui relève du psychologique, du parapsychologique et de l'irrationnel. Cette histoire soulève aussi des questions importantes, elle s'interroge notamment sur la nature véritable de la justice, et sur celle du mal. C'est l'histoire d'un homme qui voyage dans les ténèbres de l'âme d'un autre, et affronte au passage la noirceur de la sienne..."
Le réalisateur confie s'être inspiré de Au coeur des ténèbres, le roman de Joseph Conrad, pour ce film. Faisant un parallèle avec cet ouvrage, le cinéaste explique : "Mackelway et O'Ryan plongent tous les deux dans l'inconnu, dans des endroits sombres et inexplorés d'eux-mêmes..."
Le scénario original a été écrit par Zak Penn en 1997 et circula à Hollywood pendant cinq ans sans avoir été porté à l'écran. C'est après quelques remaniements effectués par Billy Ray, le scénariste de Mission évasion, que le script de Zak Penn put être adapté par E. Elias Merhige.
Sylvester Stallone, Ben Affleck et Tom Cruise ont été intéressés pour interpréter Suspect zero à la fin des années 1990. Même si ce dernier n'apparaît pas dans le film, il a participé activement à son développement en le produisant via sa société C/W Productions.
Avec des agents du FBI pour personnages principaux et la notion de vision à distance, E. Elias Merhige s'est entouré d'experts pour apporter au film toute l'authenticité nécessaire, tant dans le domaine du FBI que dans celui des phénomènes parapsychologiques. C'est ainsi qu'un ancien agent du FBI, Donn Owens, qui a passé 25 ans au Bureau, a travaillé en profondeur sur le scénario avant le tournage, afin d'apporter à l'histoire tout le réalisme nécessaire.
La production a également engagé un expert en vision à distance, Ed Dames, comme consultant pour travailler avec Ben Kingsley et le former à ce processus.
Le tournage débuta en août 2002 au Nouveau-Mexique. L'Etat américain participa au financement de ce film à hauteur de 7,5 millions de dollars avec un retour sur bénéfice.