Ni pour ni contre (bien au contraire) aurait dû être réalisé après Peut-être. Mais le tournage de son film policier ayant été retardé de quatre mois, Cédric Klapish profita de l'intervalle pour achever l'écriture et le tournage de L'Auberge espagnole, énorme succès français de l'année 2002. Ce dernier s'est donc fait beaucoup plus vite, alors que l'écriture de Ni pour ni contre (bien au contraire) aura pris deux ans.
Le metteur en scène a enchaîné les deux tournages, pour ensuite assurer les montages successifs des deux films. Il explique : "Depuis le début, ces deux films sont liés et j'ai cherché sciemment à cultiver leur différence".
Marie Gillain ne s'est pas vue proposer directement le rôle féminin principal de Ni pour ni contre (bien au contraire), elle a eu à passer par le jeu du casting et de l'audition. Cédric Klapisch explique son choix : "Aucune des autres candidates n'arrivait aussi bien à garder sa séduction et sa fragilité en jouant une dure".
Cédric Klapisch a une nouvelle fois pu compter sur une équipe fidèle qui le suit régulièrement sur les tournages. La société de production Vertigo est en effet régulièrement attachée aux diffrents projets du réalisateur, depuis Le Péril jeune en 1995, Chacun cherche son chat en 1996 et Peut-être en 1999. Le péril jeune, Peut-être et Ni pour ni contre (bien au contraire) ont en outre tous été écrit par le trio Cédric Klapisch / Santiago Amigorena / Alexis Galmot. Enfin figurent au casting Zinedine Soualem et Simon Abkarian, deux acteurs présents auprès de Klapisch depuis ses débuts avec le court métrage Ce qui me meut (1989).
Ni pour ni contre (bien au contraire) est la troisième incursion du comédien Vincent Elbaz dans l'univers de Cédric Klapisch. Il avait auparavant joué dans Le Péril jeune en 1995 et Peut-être en 1999.
Le compositeur Loïk Dury assure la bande originale d'un film de Cédric Klapisch pour la troisième fois. Il avait auparavant collaboré avec le réalisateur pour ses deux derniers films, Peut-être et L'Auberge espagnole.
Ni pour ni contre (bien au contraire) marque la deuxième collaboration à l'écran des comédiens Marie Gillain et Vincent Elbaz. Les deux acteurs s'étaient donné la réplique à l'occasion du tournage de la comédie Absolument fabuleux de Gabriel Aghion en 2001.
Cédric Klapisch a bénéficié lors de la phase de documentation de l'aide d'un policier de la brigade de répression du grand banditisme, ainsi que des "conseils" de Frank Henry, un célèbre braqueur, que le réalisateur a pu rencontrer grâce à un journaliste.
Cédric Klapisch, qui traîne aux Etats-Unis la réputation de réalisateur de comédies romantiques, a tenu à réaliser un film policier dans les règles du genre. Il explique : "Depuis longtemps j'avais envie de faire un film policier, de retrouver la tradition du film noir et du film de gangsters et de l'actualiser. J'avais aussi envie de changer cette étiquette "sympa" qu'on accolle à mes films tout simplement parce que je ne m'y identifie pas complètement".