Grâce à l'interprétation difficile du travesti Bo, Robinson Stévenin s'est vu remettre en 2002 le César du Meilleur espoir masculin.
Mauvais genres est inspiré d'un roman de Brigitte Aubert, Transfixions. Francis Girod a été rapidement intéressé par le contenu et la matière cinématographique de l'ouvrage : "Quand je l'ai lu, j'ai trouvé que la base scénaristique comportait beaucoup d'ouvertures vers autre chose, vers des gouffres assez peu traités au cinéma dans lesquels on se sent attiré comme on succombe à un vertige. J'ai trouvé très originale la manière dont le roman traite de l'enfance maltraitée, des questions d'identité sexuelle qui découlent de cette douleur initiale. Le roman montre aussi comment le malheur rejaillit sur tout le monde (...)".
Certaines prises de vues du film ont été réalisées à Paris mais la majeure partie du tournage a été effectué en Belgique, à Bruxelles. Pour des raisons purement affectives : Francis Girod avoue beaucoup aimer cette ville, dans laquelle il a pu trouver des décors de rues sombres pavées "style Jack L'Eventreur" qui convenait à l'ambiance du long métrage.
Francis Girod a tenu à ce que le personnage du travesti Bo ne souffre d'aucun préjugé : "Dans le livre, le personnage avait une dimension masochiste que j'ai atténuée pour ne pas le couper du public et surtout, je le répète, pour éviter tout jugement négatif de la part du spectateur (...). Ce qui m'a intéréssé avec ce personnage de travesti, ce n'est pas de surfer sur la vague, ce n'est pas de m'en servir, mais de le servir".