Le réalisateur a été marqué par sa rencontre avec Tom Brown, un tracker professionnel qui travaille entre autres pour les forces spéciales. William Friedkin confie : "Lorsque je l'ai rencontré, j'ai pu constater l'immense culpabilité qu'il ressentait pour avoir enseigné à des jeunes gens comment se déplacer sans être repéré pour tuer quelqu'un. Il avait appris que certaines cibles étaient politiques, répondant à des exigences de pouvoir. Lui-même n'avait jamais tué qui que ce soit et il a peu à peu développé cette culpabilité qui était la sienne. J'ai tout de suite eu envie de faire un film sur lui, mais jusqu'alors, je pensais à un documentaire car je ne voyais pas comment inclure une telle figure dans une histoire fictionnelle."
Traqué marque la deuxième collaboration entre William Friedkin et Tommy Lee Jones. En 2000, dans L'Enfer du devoir, Tommy Lee Jones joue un haut-gradé de l'armée. Dans Traqué, il est un ancien agent des forces spéciales. Pour résumer, il incarne dans ces deux films des hommes d'élite.
Avant le tournage, Tommy Lee Jones et Benicio Del Toro ont suivi un entraînement intensif : deux heures par jour, trois ou quatre jours par semaine, ils ont appris les techniques de survie en milieu sauvage. C'est Tom Brown, l'agent des forces spéciales qui a inspiré le film, qui les leur a enseignées. Les deux acteurs ont suivi également un apprentissage de maniement des armes blanches. A la suite de cet enseignement, Tommy Lee Jones a déclaré : "J'en sais maintenant plus sur ce type de combat au couteau que je ne pouvais souhaiter en savoir."
William Friedkin a fait appel à Tom Brown, tracker professionnel, pour donner de la crédibilité à son film. L'agent des forces spéciales a entraîné les deux acteurs principaux du film. Il a également donné des conseils quant au choix des accessoires. Il commente l'exigence d'exactitude du réalisateur : "Si vous parlez à William d'un piège ou d'un appareil qui pourraient être utiles à l'histoire, sa première réaction est de vous répondre : je veux savoir comment cela fonctionne. Il en a besoin pour son sens de l'authenticité. Alors je construisais et lui montrais comment cela pouvait tuer. Et les accessoiristes s'en inspiraient."
Le métier d'acteur peut être dangereux, comme le montre l'accident de Benicio Del Toro sur le tournage de Traqué. L'acteur s'est blessé en répétant une scène de combat avec son partenaire Tommy Lee Jones. Selon certaines rumeurs, Benicio Del Toro se serait cassé le poignet. Une autre version, plus inquiétante, a mentionné une section des tendons.
Le chef monteur Augie Hess est un fidèle collaborateur de William Friedkin. Ils ont déjà travaillé ensemble sur Jade (1995) et L'Enfer du devoir (2000).
Sur le tournage, les figurants jouant les forces de l'ordre sont un mélange d'acteurs et de véritables policiers. De même, la plupart des personnages appartenant au FBI dans le film travaillent pour le FBI dans la vie. Certains sont même des amis de William Friedkin.
Pour une des scènes du film, l'accès au pont de Portland a dû être fermé, bien qu'il soit l'un des principaux axes d'accès à la ville. L'équipe avait prévu de prendre ces mesures durant quatre week-ends, plus un par précaution. Un cinquième week-end fut effectivement nécessaire pour tourner la scène.