L’Ombre des pères est né de l’amitié entre la réalisatrice et le comédien et performeur zoomorphe Cyril Casmèze. À 17 ans, ce dernier a vu son père mourir d’une crise cardiaque foudroyante. Marquée par cette histoire et témoin de l’hypocondrie de son ami, Christine François a décidé de le suivre avec sa caméra pour « creuser ce que ça déclenchait chez lui, dans sa vie personnelle et dans sa vie d’artiste. »
La réalisatrice s’est aperçue que plusieurs hommes de son entourage avaient, à l’instar de Cyril Casmèze, perdu leur père trop tôt. Elle a rencontré cinq autres fils en deuil, dont Cyrill Renaud, fils du réalisateur Renaud Victor : « J’avais été frappée par la mort, en pleine force de l’âge, de ce cinéaste libre et hors du commun. Je sentais le poids que cette œuvre inachevée faisait peser sur son fils. Cyrill Renaud oscillait entre se rapprocher de son père et s’en éloigner. S’en charger et s’en décharger. »
Christine François a filmé ses protagonistes pendant 6 ans, une durée nécessaire pour appréhender leur deuil : « Ce qu’il y avait à saisir était forcément ténu, voire impossible à filmer, donc il fallait du temps, de la disponibilité et j’ai presque envie de dire du vide, du temps mort. »
La réalisatrice remercie la monteuse du film lors du générique de fin. Christine François a d’abord envisagé un montage chronologique mais Annie Waks a su l’emmener dans une autre direction : « Elle a fait surgir un récit et un point de vue de la centaine d’heure de rushes qui s’étalaient sous ses yeux. Elle a fait faire des boucles au temps. Elle a dessiné des motifs, rendu profond ce qui était disséminé, précis ce qui était caché dans les replis des rushes, et universel le message du film. »