A l’origine, Dounia et la princesse d'Alep devait être une mini série en 6 épisodes, construite en une seule trajectoire narrative. C'est lors de la rencontre entre la productrice Judith Beauregard de Tobo Média et Laurence Petit de Haut et Court au MIFA d’Annecy en 2019 qu'a émergé l'idée d’en faire un long métrage.
En réfléchissant à la manière de raconter l’histoire des migrants aux enfants, Marya Zarif a d’abord dessiné un groupe de migrants avec leurs valises, sur la route, en leur donnant peu à peu des prénoms, un caractère, des origines et une histoire : "Au centre, et à l’avant du groupe, il y avait l’image d’une toute petite fille, bras ouverts, accueillant l’inconnu, avec des cheveux incroyables, un appétit de vivre et une joie intarissable. C’était Dounia." Elle a choisi ce prénom, qui veut dire "le monde", ou plus précisément, la vie terrestre, car il "contient tout ce que porte Dounia en elle. Elle perd tout mais le monde lui appartient."
Dans le film, la magie vient d’une graine de baraké, autrement appelée graine de nigelle, qui a des propriétés guérissantes et magiques dans la culture arabe. "C’est une petite graine noire comme les cheveux de Dounia. Elle est toute petite avec beaucoup de parfum et de pouvoirs", explique la réalisatrice Marya Zarif.