À l’origine du projet, il y a l’expérience que la scénariste Sophie Gueydon a eue d’abord à Paris puis dans le Nord de la France, près de Calais. Elle y a passé beaucoup de temps, en travaillant dans des associations, et en nouant des liens avec les migrants qu’elle a rencontrés. "Son propre vécu, sur place, nous a été précieux à la fois pour l’écriture et la fabrication du film même s’il a fallu réactualiser le récit après le démantèlement de la « jungle ». L’histoire s’est développée autour des personnages de Natacha et Walid, qui nous permettaient en quelque sorte de parler de deux mondes totalement différents, de deux univers parallèles qui se rencontrent, voire se percutent grâce à la fiction", explique le réalisateur.
En raison du sujet du film, cela n’a pas été si simple de trouver des lieux de tournage. Mais au final, l'équipe a été plutôt bien accueillie dans des villes comme Boulogne et Dunkerque, révèle le réalisateur. "Natacha habite une ville qui pourrait être Calais, mais concrètement la barre d’immeubles dans laquelle elle vit est filmée à Boulogne-sur-Mer. C’est aussi à Boulogne qu’on a trouvé notre décor de passage de douane. À Boulogne, des guérites désaffectées subsistaient datant du temps où des hovercrafts faisaient la liaison avec l’Angleterre. Les hovercrafts n’ont pas duré, ce checkpoint n’a quasiment jamais été utilisé, on l’a remis en service et pris pour décor."
Thierry Binisti tenait à éviter le cliché de la relation amoureuse entre les personnages de Natacha et Walid. Leur relation repose avant tout sur un contrat. Il y a bien une attirance qui s'installe entre eux au fur et à mesure mais il n'y a pas de concrétisation car "cela aurait abîmé cette histoire, cela l’aurait limitée si le but était de s’embrasser à la fin. L’idée était de voir comment deux êtres totalement différents se rencontrent et se trouvent des points communs parce qu’ils sont dans la même situation."
Réaliser Le Prix du passage est une forme d’engagement pour Thierry Binisti, en permettant, par le biais de la fiction, d'abolir la distance entre le spectateur et le monde qui l'entoure. "Le cinéma nous ouvre des fenêtres sur des situations bizarrement insoupçonnées, parce que rarement portées par des êtres de chair et de sang. Il peut ainsi contribuer à une prise de conscience."