Avec Mon cousin, Jan Kounen réalise une comédie, un genre auquel il n'est pas habitué. C'est le producteur Richard Grandpierre, avec qui il travaillait sur un scénario de film fantastique, qui lui a proposé la mise en scène de ce feel-good movie avec Vincent Lindon et François Damiens. Il se rappelle :
"Je sursaute un peu : il y a dix ans que je suis absent du grand écran, et je me vois plutôt faire mon retour avec un film de science-fiction, ou un polar ou un film social, ou je ne sais quoi d’autre, mais en tout cas, pas avec une comédie sentimentale, qui est un genre dans lequel, en tant que cinéaste, je ne me projette absolument pas. À l’époque, j’en suis même très loin, puisque je suis plongé dans la réalité virtuelle. Quand même, comme la distribution m’excite - Vincent Lindon est l’acteur français qui, en ce moment enflamme le plus ma curiosité et je fantasme depuis longtemps sur François Damiens - je demande à Richard de m’envoyer le scénario. Non seulement il m’amuse, ce qui est rare, mais je m’aperçois qu’il contient les fondements de ce qu’est, pour moi, une comédie « à la française » : une histoire originale, bâtie autour de deux types qui ne se supportent pas mais qui doivent être ensemble, jouée par deux grands acteurs très différents l’un de l’autre."
Avant cela, c'est Vincent Lindon qui, après dix ans de films sociétaux et de rôles graves, avait envie d’un personnage exubérant dans une comédie. Il est allé voir Richard Grandpierre et, avec le scénariste Fabrice Roger-Lacan, a réfléchi à un scénario. Jan Kounen précise : "Vincent, qui ne fait jamais les choses à moitié, s’est investi à 100 % dans l’histoire. Il a participé à l’écriture du scénario et à celle des dialogues, et pas seulement pour son propre rôle. Son implication dans le film et surtout sa présence au casting ont été pour beaucoup dans ma décision de participer au projet. J’avais très envie de le voir s’énerver dans un personnage de grand bourgeois survolté."
Jan Kounen a tourné avec une Alexa large format, une toute nouvelle caméra qui permet de retrouver les sensations du cinéma d’avant le numérique. C’est Guillaume Schiffman qui s'est chargé de la photo. Les deux hommes voulaient quelque chose de classique, où l’esthétisme ne prenne pas le pas sur la perception de la chair des personnages et des lieux. Le cinéaste explique :
"Comme on était dans une comédie, les visages ne devaient pas être dans l’ombre. On a beaucoup planché aussi sur les matières et les couleurs avec la chef décoratrice et la chef costumière. Je souhaitais que le film soit beau sans interruption, parce qu’il n’y a pas de raison qu’une comédie ne soit pas belle. Ce qui comptait, c’est que cette beauté ne soit ni gratuite ni glacée, qu’elle me convienne et surtout qu’elle soit au service de l’histoire, et donc des personnages. Dans la vie, il y a mille manières de regarder un personnage. Selon l’endroit où on se place, la perception qu’on en a est différente. C’est pareil au cinéma : si on veut vraiment servir l’histoire, on doit parfois sacrifier à son envie personnelle, se raisonner, se dire que ce sera mieux d’un peu plus loin, ou d’un peu plus près, ou d’un peu plus haut, en enlevant le contre-jour, en jouant le naturel, etc…"
Dans Mon cousin, il y a trois caméos : Albert Dupontel, Gaspar Noé et Jan Kounen lui-même. Ce dernier confie : "Ce sont de minuscules apparitions. Dans 9 mois fermes, Albert nous avait demandé à Gaspard et à moi de faire deux types en pyjama derrière lui en cellule. On s’était bien marré. Être rassemblés de nouveau, en plus dans une comédie sentimentale est une sorte de clin d’oeil. C’est comme si nos personnages étaient entrés, par effraction, dans un autre film."
Jan Kounen voit Mon cousin comme une comédie sentimentale et familiale, un genre qu'il voulait explorer depuis longtemps. Il raconte : "Même si le potentiel émotionnel de la situation était énorme et si j’avais deux acteurs brillants, pour moi, qui a toujours pris un malin plaisir à casser l’émotion dès qu’elle pointait son nez, arriver à casser l’armure de deux gars enfermés dans leur folie respective, relevait du défi personnel. Mais je me suis dit que si je me faisais confiance et si j’y mettais de la délicatesse, en m’abstenant par exemple de mettre de l’humour à l’intérieur des moments d’émotion, alors, j’y arriverais. Je suis content d’avoir fait ce film aussi pour cela : il part d’un endroit et arrive à un autre. Il y a presque deux films en un. Je trouve que, lorsqu’on va au cinéma, c’est bien de traverser une histoire qui vous enrichit, J’essaye donc toujours que mes films apportent un petit « plus ». Parfois, c’est une vision différente du monde, parfois une critique de la société. Peu importe sa nature. En ce qui concerne Mon cousin, j’espère que ce petit « plus » sera qu’il apporte du plaisir et de la gaîté."