Freddy contre Jason marque la rencontre au sommet de deux personnages mythiques du cinéma d'horreur : Jason, le tueur au masque de hockeyeur, et Freddy, mort-vivant aux griffes acérées. Le producteur Sean S. Cunningham explique ce qui différencie ces deux créatures : "Jason et Freddy incarnent l'essence même du mal sous deux de ses aspects les plus spectaculaires. Freddy règne sur les rêves, il frappe là où tout est possible, au-delà de toute réalité, lorsque nous sommes le plus vulnérable. Jason, lui, incarne la terreur froide, les peurs les plus sourdes. Les deux sont une menace absolue. L'un est tapi dans les méandres de nos songes alors que l'autre peut surgir de n'importe quel recoin de notre quotidien."
A la lecture du scénario, Robert Englund, l'interprète historique du terrifiant Freddy Krueger, confie : "Je suis arrivé sur le projet très tôt, l'idée m'a tout de suite séduit. Dans ce film, Freddy est en difficulté, il a perdu son pouvoir. Il doit pactiser avec un autre démon pour revenir et se venger. C'est non seulement une histoire forte, mais elle ouvre en outre la voie à de nombreuses situations inédites."
Paul Anderson, réalisateur de Mortal kombat et Resident evil, et David Goyer, le scénariste de Blade, étaient d'abord pressentis derrière la caméra. C'est finalement Ronny Yu, cinéaste de La Fiancée de Chucky, qui a pris leur place.
Robert Shaye, qui dirige les studios New Line Cinema et produit Freddy contre Jason, fait une apparition dans le film en principal du lycée.
Pour donner vie au personnage de Freddy, Robert Englund devait subir plusieurs heures de maquillage par jour. Son masque en latex était fait d'une quinzaine d'éléments collés sur l'ensemble de la tête et du cou.