Les Oiseaux de passage est la première réalisation de Cristina Gallego. C'est également la première fois pour Ciro Guerra qu'il travaille en duo à la mise en scène d'un film. Tous deux se connaissent bien puisque la première a produit les précédents films du second. Leur collaboration s'est faite naturellement, comme le raconte Guerra : "Dans L’Étreinte du serpent, son point de vue avait eu une forte incidence sur le plan créatif. Franchir ce pas a donc été tout à fait naturel. Cristina a participé à tous les choix de mise en scène, au travail avec les comédiens, au ton et à l’esprit du film… Il n’y a pas eu une répartition des tâches, comme c’est parfois le cas dans les films coréalisés".
Ciro Guerra décrit Les Oiseaux de passage comme "un film noir, un film de gangsters. Mais il peut aussi être à la fois un western, une tragédie grecque et un conte de Gabriel García Márquez". Pour Cristina Gallego, la culture des wayuu contient des codes qui ne sont pas si éloignés de ceux des films de gangsters : "Il existe un personnage, le palabrero, avec un rôle similaire de celui du consigliere dans la mafia. C’est un genre qui plaît beaucoup autour du monde, mais que notre cinéma s’est souvent interdit. En Colombie, on a du mal à s’en emparer à cause des ravages de notre histoire récente..."
Le film met en scène les Wayuu (également connu sous le nom de Guajiros), un peuple amérindien qui vit à la frontière de la Colombie et du Venezuela. Il représente le peuple le plus important des deux pays.
C'est en travaillant sur Les Voyages du vent sur la côte nord de la Colombie que les réalisateurs ont eu l'idée des Oiseaux de passage. L'une des scènes du film se passait pendant la bonanza marimbera, période d’exportation de cannabis aux États-Unis pendant les années 70 et 80, particulièrement dans le désert de la Guajira. En creusant cet épisode et en interrogeant les populations locales, Cristina Gallego et Ciro Guerra ont senti qu'ils tenaient un sujet et un angle inédits au cinéma, où le narcotrafic et la violence qui en découle sont habituellement glorifiés. "Cette histoire avait un potentiel pour dépasser l’anecdote et atteindre quelque chose de plus profond" explique Guerra. Sa comparse renchérit : "C’est une métaphore de notre pays, une tragédie familiale qui devient aussi une tragédie nationale. En parlant du passé, elle nous permet de mieux comprendre où nous en sommes aujourd’hui en tant que pays...".
Situé dans le désert de la Guajira, le tournage n'a pas été de tout repos. Le plateau était sans cesse menacé par des inondations et l'équipe a dû mettre en place des digues de contention. Une tempête de sable s'est également abattue sur le tournage ainsi qu'un orage (le plus violent depuis six ans) qui a totalement détruit deux des plateaux.