Paddy, la petite souris est un appel à la tolérance, comme l'explique la réalisatrice : "Parfois dans la vie, les choses ne sont pas telles que nous le pensons. Nous avons souvent beaucoup de préjugés et nous devrions tous tâcher de les dépasser. Se découvrir les uns les autres est finalement ce qu’il y a de plus intéressant. Si nous nous en donnons la peine, les autres peuvent nous apporter beaucoup".
Paddy, la petite souris est une adaptation de trois livres suédois pour enfants (publiés respectivement en 2013, 2015 et 2016) relatant les enquêtes d’un commissaire crapaud appelé Gordon, et de son assistante, une souris nommée Paddy. Ces ouvrages, écrits par Ulf Nilsson, un des auteurs suédois les plus célèbres de la littérature jeunesse, et illustrés par Gitte Spee, ont connu un véritable succès, au point d'être publiés dans une dizaine de pays et de faire l'objet d’adaptations théâtrales et d'applications numériques.
Paddy, la petite souris a nécessité trois ans de travail dont un an et demi pour l'animation avec une équipe de vingt personnes, chaque animateur produisant deux secondes de film par jour. Le scénariste Janne Vierth a regroupé trois histoires issues des différents livres pour en constituer une nouvelle. La réalisatrice précise : "Nous avons ensuite travaillé de manière très traditionnelle en faisant d’abord un storyboard puis un animatic avec les voix et la musique. D’ailleurs, lors de l’enregistrement des voix, plusieurs comédiens nous ont inspiré certaines attitudes ou expressions corporelles des personnages".