L'obession pour Le Jardin des Délices de Jérôme Bosch n'est pas venue tout de suite à José Luis López-Linares. Le réalisateur était avant tout intéressé par le Musée du Prado de Madrid, qui regoupe selon lui "la meilleure collection de tableaux au monde". Après avoir réalisé cinq documentaires consacrés à des peintres, ledit musée lui a offert la possibilté de tourner sur Jérôme Bosch. "Je leur en ai été très reconnaissant. Le Jardin des Délices m’a toujours intéressé, sans que je puisse affirmer cependant que le tableau m’obsédait. Mais c’était avant que je ne lise l’ouvrage de Reindert L. Falkenburg, Jérôme Bosch, Le jardin des délices. De là est né mon film. Par la suite, le tableau m’a hanté un an durant et ça continue", confie le cinéaste.
José Luis López-Linares a finalisé Le Mystère Jérôme Bosch beaucoup plus rapidement que ses précédents films. Alors qu'il accorde habituellement six mois rien qu'à la phase de montage, le réalisateur a terminé ce film en moins d'un an, toutes étapes comprises. "J’ai filmé une grande partie du film moi-même avec une des caméras et bien évidemment, je me suis occupé du montage, en collaboration avec trois autres monteurs qui travaillaient simultanément sur le film pendant quatre mois. La date de l’avant-première approchait et nous n’avions toujours pas terminé !", se souvient le réalisateur.
Tous les intervenants du Mystère Jérôme Bosch ont effectué des visites privées nocturnes du Musée du Prado. Salman Rushdie est lui-même familier du travail de Bosch, puisqu'il en parle dans son dernier roman. José Luis López-Linares se souvient particulièrement de ce moment passé avec l'écrivain : "Après sa fermeture, le musée était entièrement à nous. C’était un décor fantastique. Nous avons enlevé les barrières, de manière à ce que la caméra et les invités puissent s’approcher du tableau. C’était un moment magique".