Wilson est une adaptation du roman graphique du même nom signé Daniel Clowes, lui-même auteur du scénario.
Alexander Payne (The Descendants) était envisagé pour réaliser le long-métrage. Il a finalement annoncé qu'il se retirait du projet, cédant sa place à Craig Johnson, tout en figurant toujours parmi les producteurs du film. Derek Cianfrance a également été attaché au projet, avant de le quitter pour réaliser Une vie entre deux océans.
Lors du tournage des scènes dans une maison correctionnelle, Woody Harrelson a demandé à ce que soit coupé l'air conditionné. Sa requête s'est vue refusée, compte tenu des difficultés de logistique qu'elle aurait entraînée pour tout le personnel.