Funan se déroule au Cambodge après la prise de pouvoir des Khmers rouges le 17 avril 1975. Ils mettent en place un état autocratique où la violence et la justice expéditive font loi afin de mener le pays vers un idéal d'inspiration communiste. Propagande, travail forcé, fin des échanges avec l'extérieur et en particulier les pays occidentaux, meurtres des intellectuels, exécution de ceux considérés comme des traîtres, ... le régime causa entre 1,7 et 2 millions de victimes tandis qu'un demi-million de personnes durent s'exiler.
Avec Funan, Denis Do revient sur l'histoire de sa propre mère et plus particulièrement "ses sacrifices, ses déchirures et sa survie sous le régime Khmers rouges". Il s'agissait de s'intéresser à la complexité des rapports humains et non pas de livrer un récit historique didactique. Ainsi, des informations historico-politiques émaillent le récit mais ne sont pas au centre de la narration.
Pour le réalisateur, c'était aussi l'occasion d'exorciser une forme de culpabilité : "ce film est complètement ancré dans ma démarche de recherches sur le passé. Il me permet de questionner une mémoire que j’ai fantasmée ou rejetée. [...] J’évite volontairement le terme « traumatisme » que je trouve dur à porter. Il y a une forme de culpabilité de ne pas avoir vécu cela avec les siens".
Si Denis Do a choisi de livrer ce récit sous une forme animée, c'est parce qu'il préférait voir le personnage de sa mère représenté à travers un dessin et non pas par une véritable comédienne. L'animation offre également à ses yeux plus d'universalité et un certain recul par rapport à la réalité : "Le film est réaliste tout en préservant un espace pour l’interprétation. Subtilement, il provoquera, évoquera".
Funan est le premier long métrage de Denis Do. Son film de fin d'étude, Le Ruban, était déjà inspiré par sa triple culture franco-sino-cambodgienne en mêlant l'histoire intime à la grande Histoire. Il s'agissait d'une romance sous la Révolution Culturelle chinoise.