C'est après avoir entendu parler de la tentative d’apostasie de son ami Álvaro Ogalla que Federico Veiroj a eu l'idée du film. "Apostasier" signifiait pour le cinéaste avoir l’intention de changer son passé, autrement dit un fantasme qui relève de l'impossible. Il explique : "C’est devenu un défi intérieur très tentant : créer un conte fictionnel avec des touches de fable. J’ai alors construit le personnage de Tamayo, qui à travers ses actes allait représenter une nouvelle façon d’être en conflit avec les institutions. Je sentais que cette histoire pourrait facilement être transposée dans d’autres pays."
Le personnage principal est joué par l'ami de Federico Veiroj, Alvaro lui-même, qui n’a aucune formation d’acteur. Dès lors, le réalisateur savait que le résultat serait aussi étrange que son interprète...
"Ses gestes, son regard, son désir et sa violence contenus, son apparence juvénile étaient des ingrédients puissants avec lesquels je pouvais travailler afin de donner vie à son personnage. J’ai essayé de montrer l’extrême variété de ses expressions et de ses émotions. Tamayo transforme sa propre vie en une course d’obstacles. Personnellement, je crois que Tamayo est un personnage inoubliable. Durant l’écriture, je savais que je voulais faire un film drôle, plein d’espoir, lumineux mais qui ne perdrait jamais sa profondeur. Nous avons travaillé sur un récit qui pourrait inclure tous ces aspects, sans oublier la conviction absolue de Tamayo, fil conducteur de l’intrigue. Chaque fois que son passé ou ses délires fantaisistes affluent, nous avons cherché à ne pas perdre ce qui le motive : son désir de changement. Une volonté qui se manifeste par ses grands renoncements, et des conquêtes épiques", confie-t-il.
L'intrigue se déroule en Espagne. Ce pays tourmenté colle en effet parfaitement à cette crise de maturité de Tamayo et sa relation avec les institutions traditionnelles. Federico Veiroj avait par ailleurs envie de faire son film à Madrid qui est sa vraie patrie puisqu'il y a vécu une partie importante de sa vie.
Pendant l'écriture du scénario, il y a eu divers apports, comme les lettres d’Alvaro Ogalla à l’origine de cette histoire, la contribution du scénariste Nicolás Saad à la structure lors la phase du traitement, et la réflexion avec un autre scénariste, Gonzalo Delgado, pour donner de la profondeur au personnage principal.
Les différents styles de musique ont été pensés comme des couches composant la personnalité de Tamayo. Ainsi, nous pouvons entendre le morceau de piano de Federico Garcia Lorca Romance Pascual de los Pelegrinitos en ouverture du film et qui introduit le personnage principal. De la musique classique orchestrale, une chanson moderne du groupe basque Lisabö, des fragments d’oeuvres du compositeur russe Prokofiev et des morceaux de flamenco composent l'ensemble de la bande originale du film.
Tout au long de la conception de Dieu, ma Mère et moi, Federico Veiroj et son équipe avaient en tête l'humour du livre de Benito Perez Galdos "El audaz, Historia de un radical de antaño". Certains passages ont même été empruntés pour les scènes avec l’évêque.
Toujours du côté des références, il y a La Prima Angélica de Carlos Saura pour sa relation entre le passé, l’imaginaire et le présent ; Opera Prima de Fernando Trueba qui dépeint la relation d’un jeune homme avec sa cousine ; L’Audience de Marco Ferreri pour comprendre le degré de conviction du personnage de Gonzalo Tamayo ; mais aussi La Route de Omirbayev, les premiers films de Zanussi et ceux de Buñuel pour les expressions du visage de Fernando Rey.