Avec ce 4ème long métrage, la réalisatrice Asia Argento exorcise une enfance difficile, marquée par la séparation de ses parents. Mais au-delà de cette similitude scénaristique entre sa vie et celle du personnage d’Aria, la cinéaste insiste sur le fait que son film n’est pas autobiographique. Elle explique : "Qui dans son enfance n’a pas eu ce sentiment d’être incompris aux yeux des autres, à commencer par ses propres parents ? Je l’ai ressenti comme tout le monde. Certaines choses dans le film sont inspirées de mon vécu ou de ce que j’ai pu observer chez des amis. En cela, L’Incomprise est un film personnel mais en aucun cas thérapeutique."
C’est la seconde fois qu’Asia Argento et Charlotte Gainsbourg se retrouvent sur le même plateau, car elles ont tourné ensemble dans Do Not Disturb d’Yvan Attal en 2012. La réaliste souhaitait diriger Charlotte, et elle a écrit le scénario pour elle, admirative de son interprétation dans L’Effrontée.
Charlotte Gainsbourg a appris l'italien spécialement pour le film.
Pour son film, Asia Argento a fait appel à des enfants, pour la plupart non professionnels. Elle les a accueillis chez elle avant le début du tournage, pour qu’ils fassent connaissance, ce qui lui a permis également d’adapter le scénario à la singularité de ces enfants. Asia s'est sentie proche d'eux : "J’ai gardé une âme d’enfant. Travailler avec eux me permet de garder le contact avec cette part de moi-même", explique-t-elle.
Contrairement aux autres enfants présents dans le film, Giulia Salerno est actrice depuis l’âge de 5 ans, une expérience importante pour Asia Argento : "Au début du film, je me suis attardée sur son visage en gros plan. Il est très magnétique, profond, beaucoup d’émotions passent. Elle a par ailleurs une façon très musicale de se mouvoir dans l’espace. Elle pratique le violon. Pour la diriger, il me suffisait de battre la mesure à haute voix pour qu’elle trouve ses marques. Elle a le sens du rythme. Elle m’a fait entièrement confiance. Même si elle est actrice depuis l’âge de 5 ans, elle a gardé une part d’innocence dans son jeu. En regardant la cassette de ses essais pour le film, j’ai tout de suite senti une force énorme. Le choc a été immédiat. J’ai observé son comportement avec les autres enfants. Elle a une personnalité très forte. C’était parfois difficile sur le tournage, mais j’aime ça. Giulia est une vraie actrice."
La réalisatrice fut très inspirée par L’Incompris de Luigi Comencini, qui l’avait beaucoup émue lorsqu’elle était petite et qui traite, comme L’Incomprise, d’une blessure enfantine. Mais dans le film d’Asia, une rupture plus nette est faite entre le monde des enfants et celui des adultes. La cinéaste s’est également inspirée des Quatre Cents Coups de François Truffaut, et particulièrement de cette image de petit garçon seul dans la rue, à partir de laquelle elle a développé l’histoire de son film.
Asia Argento a choisi de situer l’action de L'Incomprise dans les années 1980, pour rendre la solitude du personnage d’Aria plus lisible. "Faire un film dans notre présent aurait rendu la solitude d’Aria difficile à exprimer. L’enfant a aujourd’hui des téléphones portables, des Playstations, des réseaux sociaux pour tromper sa solitude. Il peut s’enfermer dans sa chambre et communiquer avec l’extérieur. Il y a une sorte de lobotomisation des esprits. Dans les années 80, il fallait sortir pour voir les autres", explique la réalisatrice. Ce choix d’époque a également permis une esthétique particulière, colorée et presque fluo, qui reflète une image du passé, usée, "comme une mémoire qui s’efface peur à peu".
La cinéaste a elle-même écrit les quatre thèmes principaux du film, qui furent ensuite réinterprétés par des musiciens américains. Les mélodies jouées par le personnage de Charlotte Gainsbourg sont des compositions de l’arrière-grand-père d’Asia, Alfredo Casella. Quant au reste de la bande originale, il s'agit de morceaux peu connus des années 1980.
Ce film est présenté dans la catégorie Un Certain Regard au Festival de Cannes 2014.