L'Origine de la violence est un roman de Fabrice Humbert, pour lequel il a reçu le Prix Renaudot du livre de poche en 2010. L'écrivain a d'ailleurs collaboré au scénario du film d'Élie Chouraqui. C'est en lisant une brève dans un journal que le réalisateur a été convaincu d'acquérir les droits du livre, avant même de l'avoir lu.
Élie Chouraqui a choisi son fils César pour incarner deux personnages principaux dans L'Origine de la violence, les rôles de Nathan et Adrien jeunes. Il avait déjà fait une apparition dans le film précédent de son père, Celle que j'aime (2009).
Pour Élie Chouraqui, L'Origine de la violence est en quelque sorte la somme de tous les films qu'il a réalisés, et dont l'histoire pleine de lourds secrets liés à la guerre trouve une résonance particulière dans son histoire personnelle. "Après la guerre, on ne parlait plus de rien. Je voyais ma mère caresser tristement des vêtements, je me demandais ce qui se passait, et n'ai compris que bien plus tard, vers dix-sept ans, que mes parents avaient perdu un fils", confie-t-il. "Joseph Joffo, qui joue Kolb dans le film, l'exprime très bien lorsqu'il dit à Nathan : "À toi, je peux parler, je peux dire". Et on devine que cet homme n'a peut-être jamais évoqué ces moments".
Élie Chouraqui n'a pas obtenu tout de suite l'autorisation de tourner dans le camp de Buchenwald. Après un premier refus, le réalisateur a été reçu par le comité du camp auquel le scénario avait été transmis. Deux conditions ont alors été imposées pour un éventuel tournage : ne pas faire rentrer d'uniformes allemands ni tourner dans certains lieux. Certains trucages ont ainsi été nécessaires.
Élie Chouraqui avait repéré Stanley Weber (le fils de Jacques) dans la série Borgia. C'est la relation particulière qu'il entretient avec son père, d'un jeune acteur à un comédien de renom, qui a intéressé le réalisateur pour lui confier le rôle de Nathan.
César Chouraqui a perdu quinze kilos pour jouer dans L'Origine de la violence et être crédible dans son rôle de déporté à Buchenwald. Anxieux au départ, Élie Chouraqui a vite été rassuré sur la présence de son fils dans le film : "L'objectif de la caméra ne ment jamais", déclare-t-il.
L'Origine de la violence marque les retrouvailles entre Élie Chouraqui et Richard Berry, 38 ans après Mon Premier Amour (1978), le premier film de Chouraqui et le premier grand rôle de Berry au cinéma. Si les deux hommes s'étaient promis de retravailler ensemble, il aura fallu attendre près de quatre décennies pour les voir collaborer à nouveau.
Michel Bouquet a remplacé Michel Galabru, initialement prévu dans le rôle de Marcel Fabre.