L'Apprenti Père Noël et le flocon magique est la suite d'un film de 2010, L'Apprenti Père Noël déjà réalisé par Luc Vinciguerra, un habitué de l'univers de l'animation, qui avait notamment travaillé sur la série télé du même nom - qui a inspiré le premier film - diffusée entre 2004 et 2006.
L'Apprenti Père Noël et le flocon magique est le deuxième long métrage du réalisateur Luc Vinciguerra à sortir au cinéma après le premier volet L'Apprenti Père Noël (2010). Il avait cependant beaucoup travaillé à la télévision sur les séries animées Babar (1990), Iznogoud (1995), Les Nouvelles aventures de Lucky Luke (2001) ou encore Ratz (2002).
Si pour le premier volet, le réalisateur Luc Vinciguerra n'a pas participé à l'écriture du scénario qui était déjà rédigé quand il a intégré la production, il a voulu participer pour cette suite avec le scénariste original Alexandre Révérend. Le metteur en scène raconte : "Pour ce projet, j’ai coécrit dès la première ligne, et forcément il ressemble plus au genre d’histoire que j’aime raconter. J’ai l’impression qu’il me correspond un peu plus."
Alors que de nombreuses stars du cinéma français avaient prêté leurs voix pour L'Apprenti Père Noël (2010), aucune ne rempile pour la suite (malgré le fait que certaines d'entre elles peuvent voir leur personnage réapparaître). Line Renaud a donc abandonné le rôle de Solange au profit d'Evelyne Grandjean, Lorant Deutsch laisse Randolph à la voix d'Alexis Tomassian et Pierre-François Martin-Laval se fait remplacer par Pascal Sellem pour le personnage d'Edgar.
Passer le rôle de "Père Noël" d'une personne à une autre n'est pas un sujet inédit. Sans pour autant partir dans la même direction scénaristique, dans Super Noël (1994), Tim Allen faisait face à la mort du véritable Père Noël et par un concours de circonstances, a dû prendre sa place.