Le scénariste Antonio Onetti s’est inspiré de l’histoire de Clara Rojas, otage des FARC entre 2002 et 2007. Sa libération a été retardée car son fils Emmanuel, né durant sa détention dans la jungle en 2004, restait introuvable. Le film retrace la recherche de l'enfant par les Forces Armées Révolutionnaires de Colombie avant que ces derniers ne soient libérés.
C’est le producteur Ariel Zeitoun qui a contacté Miguel Courtois Paternina pour lui faire part de l’histoire de la captivité de Clara Rojas et de celle de son fils, Emmanuel. Le réalisateur a alors contacté le scénariste Antonio Onetti pour écrire le film.
Operación E est le nom de l’opération organisée à l’époque pour sauver Emmanuel.
Pour incarner le fermier qui a recueilli le petit Emmanuel, le réalisateur a fait appel à Luis Tosar. L’acteur, qui est aussi co-producteur du film, a dû prendre l’accent colombien, et semble avoir satisfait Miguel Courtois Paternina puisque ce dernier déclare que "pour un metteur en scène, c’est un cadeau de travailler avec un tel acteur."
Excepté l’Espagnol Luis Tosar, tous les acteurs du film sont colombiens.
Miguel Courtois Paternina a tenu à rester fidèle à la réalité des faits. Le paysan qui recueille Emmanuel a ainsi le même nombre d’enfants dans le film que dans la réalité, et ces derniers ont gardé les mêmes prénoms. Le réalisateur précise : "On a seulement pris quelques libertés pour que le film ne soit pas un documentaire."
Afin de respecter au mieux la véritable histoire du petit Emmanuel, les membres de l’équipe ont interrogé à plusieurs reprises José Crisanto en prison, mais aussi des politiques et même certains membres des FARC. Ils ont ensuite comparé les témoignages avec les faits relatés par la presse colombienne pour tenter de retranscrire cette histoire avec le plus de véracité possible.
Le réalisateur a demandé à son directeur de la photographie Josu Inchaústegui "une lumière très réaliste, mais qui devait aussi montrer une certaine évolution de l’histoire". Ainsi, au fur et mesure que l’intrigue est racontée aux spectateurs, les plans se resserrent et les couleurs se saturent.
Le réalisateur ne souhaitait que très peu de musique additionnelle dans son film. Il explique : " (...) la Colombie est un pays très bruyant : les klaxons, la musique (toujours à fond), les bruits de la nature, les bruits de la ville sont omniprésents, j’ai tenté de retranscrire au mieux cet univers, car j’essaie toujours de faire en sorte que mes films racontent de façon la plus réaliste possible l’ambiance sonore du pays où je tourne."
Les caméras ont été installées en Colombie, dans des régions très proches de celles où se sont déroulés les faits réels. Les territoires occupés par les FARC n’ont pas pu, pour des raisons de sécurité, être utilisés pour le tournage.