Danseuse et comédienne de 1978 à 1988, Anne Fontaine a collaboré à la mise en scène du "Voyage au bout de la nuit" de Louis-Ferdinand Céline, avec Fabrice Luchini.
En 1992, elle réalise son premier long métrage, Les histoires d'amour finissent mal en général, qui obtient le Prix Jean Vigo 1993.
Depuis, Anne Fontaine a réalisé Augustin (1994), Nettoyage à sec (1997). Augustin roi du Kung-fu (1999) est son quatrième long métrage.