Les Enfants des Nuages, la dernière colonie, reçut le prix du Meilleur documentaire au Goya, festival organisé par l'Académie des arts et des sciences cinématographiques d'Espagne pour récompenser les meilleures réalisations espagnoles.
Le point de départ du film remonte à 1975 et à une colonie espagnole installée dans le Sahara occidental, annexée par le Maroc qui voit dans ce territoire sa propriété. L'Espagne ne réagit alors pas et 200 000 réfugiés sahraouis se retrouvent seuls au milieu d'un pays qui n'est plus le leur, en plein désert et avec pour seul habitation des camps de toiles.
En 2008, Javier Bardem est invité au seul festival de cinéma au monde ayant lieu dans un camp de réfugiés : il s'agit du FiSahara, organisé par l'Espagne. L'acteur y passe deux semaines avant de se décider à participer à la reconnaissance de cette population spoliée. Il s'est donc fait par la suite l'investigateur, le producteur et le personnage principal du documentaire, afin de donner à celui-ci un maximum de visibilité.
Victoria Abril, qui prête sa voix au film dans la narration française, s'est également rendue au FiSahara en 2009 et a vécu avec la population Sahraoui pendant deux semaines, sous leurs propres tentes et avec les moyens du bord, pour se sensibiliser au conflit et à la situation. Lorsqu'elle entendit parler du projet de Javier Bardem et Alvaro Longoria, elle se porta immédiatement volontaire pour y participer d'une manière ou d'une autre. Bien qu'elle ne fut pas présente sur le tournage, elle fut fortement touchée par les images qui lui furent données à voir lors du doublage en studio.
Le réalisateur Alvaro Longoria et son équipe tentèrent de rester neutres dans leur traduction cinématographique du conflit socio-politique ayant lieu dans le Sahara occidental. Enfants des nuages, la dernière colonie ne se veut pas un film militant mais un film d'investigation qui laisserait au spectateur la possibilité, à la fin de la séance, de se faire sa propre opinion de la situation.
Le responsable spécial des Nations Unies pour le Sahara occidental, entre 2004 et 2006, Francesco Bastagli, a reproché, dans le documentaire, la "diplomatie enveloppe" existant selon lui entre le Maroc et la France, soit des accusations pot-de-vin concernant le territoire disputé. Le porte-parole du ministère des affaires étrangères du moment, Romain Nadal, récusa toute accusation et invita même Javier Bardem à discuter du sujet au ministère. Ce dernier regretta simplement que l'invitation de la part du gouvernement français n'ait pas été antérieure au film mais l'accepta cependant avec engouement.
Allié inattendu, Pierre Richard s'est déclaré très touché par la situation, par le courage de ces gens survivant tant bien que mal dans le désert, qu'il a lui-même côtoyé pendant un temps. Il souhaite lui aussi s'engager dans la cause pour laquelle se battent Bardem, Longoria et Abril.
Victoria Abril, qu'on avait pu voir chez Almodovar dès 1988 avec La Loi du désir, retrouve pour Enfants nuages, la dernière colonie, l'acteur Javier Bardem avec qui elle avait joué dans Talons aiguilles (1991), du dit Almodovar et dans Entre les jambes (1999), de Manuel Gomez Pereira. C'est la première fois qu'ils se retrouvent à l'occasion d'un documentaire.
Alvaro Longoria réalise, avec Enfants nuages, la dernière colonie, son tout premier film, qui plus est un documentaire et une oeuvre engagée. Plus connu pour ses productions, il avait notamment participé à 7 jours à la Havane, de Benicio del Toro et Laurent Cantet, dans lequel il avait également un petit rôle. Il a aussi oeuvré au financement des deux volets du Che, de Steven Soderbergh.
Javier Bardem et Alvaro Longuoria considèrent que le film, plutôt que de faire réagir le spectateur, doit avant tout l'instruire d'une situation qu'il a de fortes chances d'ignorer et lui rappeler qu'il est avant tout citoyen du monde. "Ce film a pour but de rappeler à tous les citoyens qu'il est de notre devoir de forcer les gouvernements à respecter et protéger les droits les plus fondamentaux, à la fois dans leur propre pays et à l'extérieur", déclare le réalisateur, alors que l'acteur souhaite laisser plus de liberté au public quant à son parcours intellectuel et émotionnel. Il ne doute cependant pas de sa réaction vis-à-vis du film.