Même si Aloïs Nebel est un film d'animation, il a été tourné avec de vrais acteurs, puis l'image a été retravaillée ensuite. Comme l'explique le dessinateur Jaromír Svejdík : "Le tournage se déroule comme pour n'importe quel film, avec des acteurs, dans de vrais décors. Puis les plans sont retravaillés de telle sorte qu'on dirait des dessins faits à la main, mais avec l'avantage qu'ils respectent la fluidité des mouvements et conservent les expressions des visages des acteurs". Le procédé, communément appelé "rotoscopie", a été utilisé pour de nombreux films comme Pocahontas ou encore A Scanner Darkly.
Comme le confie le scénariste du film Jaroslav Rudis, le personnage central du récit, Aloïs Nebel, lui a été inspiré par son grand-père, qui a connu la Seconde Guerre mondiale. Le nom de famille du protagoniste, "Nebel", signifie "brouillard" en allemand, ce qui permet à l'auteur d'introduire la notion de confusion, de perte de repères.
Le film d'animation Aloïs Nebel revient alternativement sur deux épisodes de l'Histoire tchèque : d'un côté, l'expulsion des minorités allemandes des Sudètes (régions frontalières de la Tchécoslovaquie) en 1945 ; de l'autre, l'effondrement du régime communiste à travers la Révolution de Velours de 1989.
Au départ, Aloïs Nebel est une bande dessinée en trois volumes. Le dessinateur Jaromír Svejdík s'est inspiré des années cinquante, de l'esthétisme du réalisme socialiste et des motifs des collages typiques de l'art folklorique pour élaborer son style. Toutes ces références se retrouvent à l'écran.
Le film Aloïs Nebel représentera la République Tchèque aux Oscars 2012 dans la catégorie Meilleur Film étranger.