Le metteur en scène Benjamín Avila s’est inspiré de sa propre enfance pour raconter l’histoire d’Enfance clandestine. Pour autant, il ne voulait pas écrire son autobiographie. Il a plutôt souhaité revisiter le militantisme de la dernière dictature chilienne entre 1976 et 1983 en se centrant sur une histoire d’amour entre deux enfants. Il faut savoir que sa mère a disparu lors de la junte militaire (terme utilisé pour désigner une dictature militaire gérée par un groupement de chefs des armées) et qu’il a été séparé très jeune de son demi-frère. Ils se sont retrouvés cinq ans après. Aujourd’hui, 300 enfants kidnappés pendant la junte restent portés disparus.
Avant de réaliser Enfance clandestine, Benjamín Avila s’était déjà approché du thème propre à ce film. En 2003, avec l’argent obtenu grâce à un prix, un court métrage a été monté. Celui-ci, intitulé "Veo, Veo" (traduit par "Je vois, Je vois"), a marqué les prémices d’Enfance clandestine. Pour ces deux films, Marcelo Müller a co-écrit le scénario avec Avila.
Benjamín Avila a beaucoup utilisé la technique du gros plan pour Enfance clandestine, son objectif étant de montrer la façon dont les enfants perçoivent le monde.
Plus connu pour ses courts métrages et documentaires, Benjamín Avila réalise, ici, son premier long métrage dans lequel il joue également un petit rôle.
Nommé à la quinzaine des réalisateurs lors de l’édition 2012 du plus grand festival au monde, le film de Benjamín Avila a été encensé par le public. Devant tant d’engouement, le réalisateur n’a pu retenir ses larmes...
Entre L'Histoire officielle (film de référence sur la période de la junte en Argentine) de Luis Puenzo et le film de Benjamín Avila, il y a des connexions. Ainsi, Puenzo se retrouve producteur d'Enfance clandestine et le comédien Nestor Alterio, qui joue l’oncle dans le film d'Avila, n’est autre que le fils d’Hector Alterio, qui jouait dans L'Histoire officielle.
Dans Enfance clandestine, quelques séquences représentant la violence sont animées. Benjamín Avila a eu cette idée en visionnant Kill Bill: Volume 1 de Quentin Tarantino, dans lequel une personne se fait assassiner sous les yeux d’un enfant caché sous un lit. Très ému par cette scène, le réalisateur a voulu utiliser la même technique pour son film.
Natalia Oreiro, qui interprète la mère de Juan, est une actrice qui suscite beaucoup de ferveur en Argentine. Ajoutons à cela que la chanson de fin du film est chantée par le très populaire groupe de rock "Dividios", et vous obtenez un public composé en grande partie d’adolescents. Accompagnés de leurs parents, Enfance clandestine a provoqué, selon Benjamín Avila, "des discussions générationnelles à l’intérieur des familles".