La Nouvelle Guerre des Boutons est une adaptation du livre de Louis Pergaud, devenu populaire grâce à une adaptation cinématographique en 1961 tournée par Yves Robert sous un titre éponyme. En 1994, un remake du nom de La Guerre des boutons, ca recommence a été tourné en Irlande mais s'est avéré être un échec autant artistique que public. A souligner le fait que le film d'Yves Robert n'est pas la première tentative en date. En effet, en 1936, soit 25 ans auparavant, La Guerre des gosses mettait déjà en scène un affrontement sans merci entre les enfants de deux villages voisins. Parmi les acteurs du film, un certain Charles Aznavour, alors âgé de 12 ans.
La Nouvelle Guerre des Boutons n'est pas le remake du film éponyme réalisé en 1961 par Yves Robert. Le producteur Thomas Langmann a tenté d'en acheter les droits, du moins l'autorisation d'exploiter certains dialogues écrits par le cinéaste français. En vain. De ce fait, la réplique-culte de Petit Gibus ("Si j'avais su, j'aurais pas venu !") n'apparaîtra pas dans le film de Christophe Barratier.
Si le roman de Louis Pergaud se déroule à la fin du 19ème siècle, l'adaptation cinématographique de Christophe Barratier déplace la situation environ 50 années plus tard, au moment de l'Occupation allemande... Une toile de fond historique qui a sa charge émotionnelle bien à elle.
Christophe Barratier a lu la Guerre des boutons à l'âge de dix ans avant de découvrir le film d'Yves Robert. Le cinéaste explique avoir été touché par l'idée que des enfants pouvaient faire une guerre et se montrer rebelles sans que cela ne soit malintentionné : "J’aime moi-même retrouver cette liberté d’enfance ou, pour paraphraser Françoise Dolto, laisser parler l’enfant libre qui reste en moi."
Ce n'est pas la première fois que Christophe Barratier place au centre de son intrigue des personnages d'enfants. En effet, Les Choristes (2003) mettait en scène des mineurs dans un centre de rééducation, tandis que dans Faubourg 36 (2008), plusieurs des protagonistes majeurs s'avèrent être de jeunes enfants. Christophe Barratier confie que ses rêves d'enfant sont toujours présents en lui, citant au passage Oscar Wilde : "Il faut avoir des rêves très grands pour ne jamais les perdre de vue."
Si la période de l'Occupation allemande en France a été choisie comme contexte historique, c'est, selon Christophe Barratier, parce qu'il "manquait au roman un arrière-plan conflictuel". L'objectif du réalisateur était de mettre en résonance la cocasse guerre des enfants avec cette situation de crise mondiale.
Un personnage a été créé spécialement pour cette adaptation sur grand écran, celui d'une jeune fille juive qui trouve refuge dans le village. Cet élément scénaristique permet ainsi de créer une connexion entre la guerre enfantine et la période du génocide.
Selon Christophe Barratier, La Nouvelle guerre des boutons est une adaptation complètement libre du roman de Louis Pergaud. Le metteur en scène a souhaité se laisser guider vers des territoires complètement absents du roman initial, notamment par l'élaboration des scènes de bataille et d'un souffle épique, aidé en cela par les dispositifs de "filmage moderne", de façon à proposer un "spectacle total".
Le tournage s'est déroulé en Auvergne de la mi-juin à la fin juillet de l'été 2011.
Pour le casting de certains personnages d'enfants, le réalisateur Christophe Barratier a fait un appel public à candidature le 10 février 2011. Les personnages principaux de Lebrac, Micheline et Petit Gibus étaient concernés, tout comme plusieurs enfants âgés de 9 à 14 ans.
La Nouvelle guerre des boutons sort une semaine après une autre adaptation du livre de Louis Pergaud exploitée en salles sous le nom de La Guerre des boutons et mise en scène par Yann Samuell. Les deux projets ont été initiés en même temps par deux producteurs différents, Thomas Langmann et Marc Du Pontavice, au moment où l'œuvre de Pergaud est passée dans le domaine du patrimoine public.