Alors qu'il avait annoncé que Le Vent se lève (2014) était son dernier film, Hayao Miyazaki est sorti officiellement de sa retraite en 2017. Le studio Ghibli postait à l'époque cette annonce sur son site :
"Vous l’avez sans doute appris par les médias, Hayao Miyazaki travaille sur ce qui sera son dernier long métrage d’animation. Quatre ans après le Vent se lève, Miyazaki a réalisé avec une jeune équipe un court métrage terminé (Boro la petite chenille). Au cours de cette période, il a perdu un certain nombre de ses vieux et chers amis et a passé de nombreux jours à réfléchir plus profondément à sa propre disparition. C’est à ce moment-là qu’il a décidé de “sortir de sa retraite” et de produire un long métrage d’animation. Il a en effet trouvé un sujet digne de faire l’objet d’un film. Vu son âge, il s’agit véritablement de son dernier film en tant que réalisateur. Aidez-nous à mener à bien cette production cinématographique. La durée du projet est de trois ans. Nous recherchons des personnes pour nous rejoindre dans la production."
Le Garçon et le héron aura finalement demandé sept années de travail.
Le Garçon et le héron s'inspire du roman Et vous, comment vivrez-vous ? de Genzaburo Yoshino, datant de 1937, un livre autrefois offert à Hayao Miyazaki par sa mère. Une scène du film montre le jeune héros découvrant ce livre avec un mot de sa mère qui dit « Pour élever Mahito ». L'ouvrage raconte une histoire de passage à l'âge adulte sur le développement émotionnel et philosophique d'un jeune garçon après le décès de son père.
Aucune image du Garçon et le héron n'a été dévoilée avant sa sortie au Japon le 14 juillet 2023, à l'exception d'une affiche énigmatique qui représentait un dessin semble-t-il inachevé. Le producteur de Ghibli, Toshio Suzuki, avait expliqué au magazine Bungei Shunji : "Le but de Ghibli est que les spectateurs viennent voir nos films. Depuis des années, nous avons donc fait les choses de différentes manières pour attirer le public. Mais cette fois-ci, nous nous sommes dit que nous n'avions pas besoin de faire cela. À force de faire la même chose, encore et encore, on finit par s'en lasser. Nous voulions donc faire quelque chose de différent."
Cependant, lors de l’ouverture de l’exposition Ghibli à Tokyo, Hayao Miyazaki avait commencé à émettre des doutes quant à cette stratégie : "Je me demande si ça se passera bien sans publicité. Je commence à m’inquiéter... Je suis inquiet, c’est tout." L'accueil réservé au film au box-office nippon a dû rassurer le cinéaste japonais : Le Garçon et le héron a rapporté 1,83 milliard de yens durant son premier week-end d'exploitation en salles, soit le meilleur démarrage de toute l'histoire du studio d'animation.
Joe Hisaishi, qui a signé la musique de tous les films de Hayao Miyazaki, à l'exception de son premier film, Le Château de Cagliostro, a composé la bande-originale du Garçon et le héron.