Brillante Mendoza et Isabelle Huppert se sont rencontrés pour la première fois au Festival de Cannes en 2009. Ils se sont retrouvés plus tard, par hasard, à Sao Paulo : "Il préparait son prochain film, Captive, et m’a proposé d’y participer", confie l'actrice.
Pour ce film, Brillante Mendoza s'est beaucoup inspiré de la réalité : "Les événements décrits dans Captive se basent sur les prises d’otages qui ont eu lieu aux Philippines, les enlèvements de l’hôtel Dos Palmas à Palawan, en 2001, et d’autres enlèvements commis par le Groupe Abu Sayyaf (GAS) et autres organisations séparatistes similaires", partage-t-il. Son but a été de mettre en scène tous ces évènements avec le plus de réalisme possible. Il ajoute : "Le film comporte environ 25 % d’éléments fictifs."
Les scènes du film ont été tournées par ordre chronologique pour permettre aux acteurs de s'identifier au maximum aux personnages et de "vivre" le tournage : "Pour réussir à tourner les scènes de manière chronologique, j’ai légèrement modifié l’ordre des évènements de manière à ce qu’ils correspondent à la proximité entre les lieux de tournage", affirme le réalisateur.
Toujours dans le but de donner au film un aspect réaliste et d'entraîner les acteurs dans une expérience de vie réelle, le réalisateur a choisi de séparer ces derniers en deux groupes. En parlant de la scène de l'enlèvement, Isabelle Huppert se souvient : "Je débarquais sur les lieux, ne connaissant personne, et les acteurs interprétant les terroristes étaient particulièrement effrayants". Les acteurs ne se sont ainsi rencontrés que pendant le tournage de la scène. Brillante Mendoza a expliqué ce choix par sa volonté d'"instaurer un fossé culturel entre les deux groupes."
De vrais soldats ont participé au tournage du film afin de donner plus de véracité aux scènes de fusillade, à travers les gestes et l'utilisation de vraies armes. "Quelques militaires étaient présents pendant le tournage pour dire si les acteurs avaient l’air crédibles", ajoute le réalisateur.
Contrairement à ce que le film laisse penser, le tournage n'a pas réellement eu lieu à Mindanao, l'île du sud des Philippines, à cause de l'insécurité qui règne dans cette région : "Nous avons tourné pendant 25 jours en différents endroits, sur et autour de l’île de Luzon, y compris dans mon propre jardin dans la banlieue de Manille", confie Brillante Mendoza. L'équipe du film a également suivi les traces de Francis Ford Coppola et s'est retrouvée dans la même jungle que celle que l'on peut voir dans Apocalypse Now.
Dans Captive, une scène montre la rencontre entre Thérèse, le personnage principal interprété par Isabelle Huppert, et un Sarimanok (oiseau mythologique des Musulmans). Cette séquence a été réalisée en postproduction grâce à la technologie numérique.
En travaillant sur son rôle, Isabelle Huppert a choisi comme livre de chevet l'ouvrage d'Ingrid Bettencourt, "Même le silence a une fin" : " (...) cette lecture m’a nourrie : l’épuisement, le sentiment que cela ne va jamais s’arrêter, le fait qu’on vous déplace continuellement", explique-t-elle.