A l'origine du film, il y a une lettre que le cinéaste Klaus Härö a reçue et qui contenait un scénario, un nom, Jaana Makkonen, ainsi qu’un numéro de téléphone. Un jour, il lut le scénario et, décelant son potentiel, décida de le retravailler avec un scénariste pour en faire un long métrage.
Klaus Härö a voulu réaliser un film avec la figure du prêtre, déjà parce qu'il a eu le coup de coeur pour ce mystérieux scénario et ensuite parce qu'il croit en Dieu. Le metteur en scène explique aussi se retrouver dans les deux personnages qui font partie de deux pans importants de sa vie.
Selon Klaus Härö, le thème principal de Lettres au Père Jacob est la faiblesse humaine, le film soulevant de nombreuses questions comme celle-ci : que devenons-nous lors de nos moments de faiblesses, lorsque nous ne sommes pas suffisamment forts ?
Klaus Härö explique comment il a choisi ses comédiens : "Heikki Nousiainen est un grand acteur de théâtre. J’avais déjà travaillé auparavant avec lui et je souhaitais vivement continuer cette collaboration. En lisant le scénario de Lettres au Père Jacob, j’ai tout de suite pensé à lui pour incarner Jacob. Pour Leila, j’ai choisi Kaarina Hazard, célèbre auteur en Finlande et dont le métier d’actrice est secondaire, car elle incarnait parfaitement pour moi la personnalité et la gravité de son personnage."
Klaus Härö cite comme source d'inspiration deux grands réalisateurs : le Danois Bille August (Les Misérables, 1998 et Goodbye Bafana, 2007) qui fut son directeur à l’école de cinéma et le Suédois Jan Troell (Le Vol de l’Aigle, 1982), pour leur capacité de capter les sentiments humains par des choix de mise en scène qui attachent de l’importance à certains détails.