Le réalisateur Manuel Poirier s'attèle pour la première fois à la mise en scène d'un biopic, qui plus est d'un chanteur pour lequel on ne soupçonnait pas son admiration. Quoiqu'il en soit, il explique quels ont été les critères qui l'ont convaincu : "Cela fait du bien de voir une famille heureuse, des parents qui tiennent leurs enfants dans un affectif stable, dans un monde structuré. (...) Quand j’ai lu le livre de Pierre Perret, le courant est passé. Jusqu’ici je montrais des errances, des fragilités, j’ai eu envie de changer de registre", explique-t-il.
En s'attaquant à l'adaptation d'un roman, le réalisateur savait pertinemment les risques à éviter, comme il le confesse ainsi : "Un livre est un livre. C’est une œuvre et on ne transforme pas une œuvre. Je ne vais donc pas coller au livre." Il nous explique ensuite comment il a voulu organiser sa réflexion, selon un point de vue très précis : "Je ne vais pas montrer l’enfance d’un chanteur, mais celle d’un petit garçon, d’un pré-adolescent sous l’occupation. Je veux que mon Pierrot du « Café du Pont » soit un petit garçon universel."
Selon la logique du réalisateur, désireux de présenter son jeune héros comme un "garçon universel" et pas comme "la biographie d'un chanteur connu", aucun des titres de Pierre Perret n'apparaît dans la bande-originale. C'est sous les ordres de Bernardo Sandoval, avec qui le réalisateur a déjà vécu l'expérience de Western, que la composition musicale est dirigée, comblant ainsi les souhaits de Manuel Poirier qui parle de la musique comme d'"un cadeau".
Si l'actrice Cécile Rebboah, qui interprète la mère, avait déjà convaincu le réalisateur dans un téléfilm sur lequel ils avaient tous deux travaillés, la figure paternelle campée par Campan est nouvelle dans l'univers de Poirier. C'est sur les bases d'une relation de confiance rare que les deux hommes se sont engagés : "C’est un comédien que je sentais proche de moi et il a immédiatement posé une vraie relation de confiance : il m’a dit “oui” avant même d’avoir un scénario", confie le réalisateur.
Le film est centré sur le personnage de Pierre Perret enfant. Pour incarner celui qui n'était pas encore chanteur, c'est un jeune premier qui a été choisi, Thomas Durastel. Un autre novice de faire également ses premiers pas à l'écran, Julien Demarty dans l'interprétation de l'autre frêre, Jeannot Perret.
Manuel Poirier retrouve pour ce film son acteur fétiche Sergi López, avec qui il a tourné pas moins de 5 autres réalisations depuis Western en 1997. Ce film les avait fait connaître du grand public, tout comme Sacha Bourdo, qui les accompagnaient également dans l'aventure.
Pour Bernard Campan qui découvrait ici un nouveau metteur en scène, la confrontation à de nouvelles méthodes ne s'est pas faite sans surprises : "Manuel ne pousse pas à l’introspection (...) Il cultive une liberté en installant entre nous tous une confiance. Un jour, nous allions tourner une scène et j’étais gêné. Dans la séquence, ce que disait Maurice ne me paraissait pas logique. Manuel m’a tout de suite répondu : « Maintenant, c’est toi Maurice. C’est toi qui as raison ».
Le tournage s'est déroulé à Montech et dans le village d'Escatalens (82) où a été reconstitué le café du pont, dans l'actuel café du village. Le centre ville a dû être rétabli tel qu'il était dans les années 40.
La première partie du tournage s'est déroulée entre le 14 septembre et le 9 octobre. Elle comportait les scènes d'été. La deuxième partie du tournage relatant les scènes d'hiver s'est déroulée du 16 au 28 novembre.
Le Café du Pont est une adaptation des mémoires de Pierre Perret, un livre éponyme sorti en 2005, qui lui a permis pour la première fois de parler de son enfance. Le film est centré sur la période de ses 8 à ses 12 ans.