Cristal, qui était au centre de l'opus précédent, apparaîtra dans Clochette et la fée pirate, mais ses pouvoirs ne seront pas mélangés comme ceux de ses amies.
Comme les pouvoirs des fées qui ont été modifiés, le titre du film n'était pas à l'origine Clochette et la fée pirate, ou plutôt The Fairy Pirate (en VO). Plusieurs autres titres avaient été envisagés, dont "Quest for the Queen" et "The Mythical Island".
Une rumeur racontait pendant la campagne de publicité du film qu'il s'agissait d'une comédie musicale, faisant de Clochette et la fée pirate le premier film musical de la série des films Disney sur les fées.
C'est la réalisatrice Peggy Holmes qui souhaitait remonter aux sources de l'histoire des personnages de Peter Pan, en rendant hommage à la pièce de 1904 ainsi qu'au roman original. Fasciné par Crochet, sa version jeune intriguait l'équipe de tournage mais l'intimidait aussi : il ne s'agit après tout pas de n'importe quel méchant : "tout comme les spectateurs, j’aime profondément ces personnages. Mon travail a donc été dicté par l’amour et le respect. Nous nous sommes efforcés d’honorer l’univers créé par J.M. Barrie et Disney, et d’essayer d’imaginer à quoi il aurait pu ressembler 20 ans auparavant."
C'est lors de l'élaboration et du développement du personnage de Zarina (la fée pirate, centre de l'intrigue) que l'équipe du film a eu l'idée de la lier aux pirates. Sachant que, se sentant incomprise, elle allait quitter le royaume des fées, il fallait décider de l'endroit où elle pourrait se rendre au pays imaginaire pour bénéficier d'un nouveau départ. Lorsque l'équipe de storyboardeurs rencontra John Lasseter lors d'un brainstorming, l'idée leur vient de situer l'action au rocher du crâne, que l'on pouvait déjà apercevoir dans le Peter Pan orignal de Disney. C'est ainsi que la fée fugueuse est devenue une fée pirate.
Premier film de la saga des fées qui se déroule sur l'eau, sur un bateau, Clochette et la fée pirate obligea son équipe technique à séjourner quelques temps en mer pour assimiler les noms et utilisations des moindres éléments du navire. Après maintes notes et photos prises, il leur a fallu travailler à ce que l'élément liquide soit des plus réalistes, que ce soit lorsque Clochette découvre son nouveau pouvoir ou lorsque les personnages se trouvent sur le bateau pirate.
Définir le caractère de Zarina n'a pas été difficile pour l'équipe du film. Il fallait cependant déterminer ce qu'elle allait porter, car chaque tenue est la marque de fabrique d'un type de fée et de leur personnalité. C'est pourquoi les costumes changent de couleur lorsque Clochette et ses amies échangent leurs pouvoirs. On a fait appel au styliste Christian Siriano pour créer son costume, le premier à ne pas être fait de pétales chez les fées, mais avec les éléments trouvés à bord du navire : "nous voulions que Zarina ait l’air d’une pirate, mais qu’elle soit également à la mode. Elle a beaucoup de personnalité, elle est capable de gouverner un bateau pirate, et c’est pourquoi nous tenions à ce que sa tenue reflète sa force de caractère et sa nature aventureuse". Des modèles en taille humaine des créations de Siriano ont été par la suite réalisés pour travailler à leur mouvement et résistance.
Peggy Holmes avait déjà réalisé le précédent opus de la saga des fées, Clochette et le secret des fées. Il s'agit actuellement de ses deux seuls longs-métrages à son actif.