Si les films de Jacques Rivette ne sont pas totalement improvisés, le cinéaste travaille depuis plus d'une vingtaine d'années avec une méthode bien particulière. Les scénaristes construisent le film au jour le jour pendant le tournage. Le réalisateur est donc obligé de tout tourner dans l'ordre, n'étant jamais totalement sûr des développements à venir de son histoire. Cette méthode donne à toute l'équipe une plus grande marge créative pendant le tournage.
Si Jacques Rivette a fait de Secret défense un film d'enquête, il s'est refusé à en faire un film policier au sens pur du terme, ne trouvant pas les forces de l'ordre suffisamment photogéniques.
Au moment de la sortie de Secret défense, Jacques Rivette avouait s'être inspiré d'Alfred Hitchcock dans l'écriture et de Fritz Lang dans la mise en scène pour sa manière de créer dans ses derniers films des changements de direction complètement inattendus. Ainsi dans L' Invraisemblable vérité, suspicion et culpabilité passent successivement d'un personnage à un autre.
Secret défense marque la seconde collaboration de Sandrine Bonnaire à un film de Jacques Rivette. Elle incarnait Jeanne d'Arc dans Jeanne la Pucelle, les batailles et Jeanne la Pucelle, les prisons.
Secret défense est produit par Martine Marignac. Cette dernière a financé une grande partie de l'oeuvre du cinéaste depuis Le Pont du Nord en 1981. On la retrouve créditée par exemple sur La Bande des quatre, Haut bas fragile ou Va savoir.