Le Secret de la pyramide est le dernier film des acteurs Lockwood West, Willoughy Goddard , Brian Oulton et Nigel Stock.
Le personnage de Maître Snelgrove, campé par Brian Oulton, devait initialement être incarné par Maurice Denham.
Le chevalier créé dans les vitraux de l'église est le tout premier personnage entièrement animé en image de synthèse, inséré dans un plan avec de vrais acteurs. C'est un certain John Lasseter qui supervisa la production de cette séquence. La société "Industrial Light and Magic" mit quatre mois pour l'achever.
Lorsque les jeunes Sherlock Holmes et John Watson se rencontrent pour la première fois, le jeune détective suppose que la lettre "J" devant le nom de famille de Watson signifie "James". Il s'agit d'une référence à une contradiction que l'on peut retrouver dans l'œuvre d'Arthur Conan Doyle. En effet, dans la plupart des histoires de Sherlock Holmes, le prénom de Watson est John; mais au cours de l'une d'elle, sa femme l'appelle inexplicablement "James". D'autre part, le "W" qui est entre "John" et "Watson" signifie "Hamish", qui est la traduction écossaise de "James".
Les pelouses d'Oxford ont été en partie abîmées par la fausse neige qui y a été déposée pour les besoins du film. Steven Spielberg a remboursé lui-même la fameuse université.
Après la mort de Waxflatter, Watson est dépassé dans la rue par un van portant l'inscription "P Newell, Bakers": une référence à l'acteur Patrick Newell, qui incarne Bentley Bobster, la première victime du film.
L'acteur Alan Cox qui incarne le jeune John Watson, eut une poussée de croissance durant le tournage du film. Dans les dernières scènes, il a plus souvent été filmé à une petite distance ou assis, alors que les acteurs autour de lui étaient surélevés.
La séquence du générique de début, montrant une ombre se mouvant sur le sol, est un hommage à l'ouverture de la série Sherlock Holmes avec Basil Rathbone et Nigel Bruce.
Le plan du vélo passant devant la lune est une référence à E.T. l'extra-terrestre, réalisé par Steven Spielberg trois ans auparavavant.
En Grande-Bretagne, le film a été rebaptisé "Young Sherlock Holmes and the Pyramid of Fear", un clin d'oeil au film de Steven Spielberg : Indiana Jones et le Temple maudit ("Indiana Jones and the Temple of Doom" en version originale) sorti l'année précédente.
En 1986, Le Secret de la pyramide décroche une nomination à l'Oscar des meilleurs effets visuels. Le film a également été nommé aux prix du Meilleur film fantastique et du Meilleur scénario et a remporté celui de la Meilleure musique, lors des Academy of Science Fiction, Fantasy & Horror Films.
A la fin du générique, une scène montre le méchant Professeur Rathe en train de s'inscrire dans le registre d'une auberge. Il signe du nom de "Moriarty", l'ennemi juré de Sherlock Holmes.