Nicole Kidman fut approchée pour le rôle d'Hypatie mais elle le refusa par peur de la controverse religieuse que pourrait susciter le film.
Le tournage d'Agora se déroula à l'endroit précis où se tinrent les tournages de Gladiator, Hélène de Troie et Troie : à Fort Ricasoli (Île de Malte).
Chaque jour, à midi, le tournage devait s'arrêter quelques secondes car le son des cloches du village voisin pouvait être entendu jusque sur le lieu de tournage.
Agora fait partie de la sélection cannoise 2009, présenté en Hors compétition.