L'histoire d'ouvriers perdant leur travail n'est pas étrangère au réalisateur Christophe Ruggia. De nature militante, ayant déjà fait des films portant sur le SIDA et sur les travailleurs sans-papiers, le cinéaste a vécu de près le choc pétrolier des années 1970, quand son beau-père, ouvrier, craignait d'être licencié. Ruggia affirme avoir eu l'envie de faire un film sur le sujet dès son adolescence.
Malgré l'aspect social évident de Dans la tourmente, Christophe Ruggia voulait surtout mettre en relief les conflits moraux de la société. Mentionnant l'Angolagate, les affaires Clearstream et Karachi, le metteur en scène s'interroge : "Pourquoi ceux qui n'ont rien devraient-ils respecter la morale collective, alors que ceux qui ont tout ne la respectent pas ? Je ne voulais pas faire un film militant qui appelle à l'insurrection", explique-t-il, en terminant : "Inutile d'appeler à l'insurrection, de toute façon, elle viendra."
Christophe Ruggia se dit inspiré par des films impressionnistes des années 1920, en plus des films noirs Détour d'Edgar G. Ulmer et Les Amants de la nuit de Nicholas Ray. Cela dit, Dans la tourmente ne constitue pas un hommage à ces œuvres, étant donné qu'il était très important pour le cinéaste que l'histoire de son long métrage soit ancrée dans une réalité contemporaine.
Afin de rendre son histoire réaliste, le réalisateur s'est approprié de vraies phrases employées par des hommes politiques pour composer les dialogues de Dans la tourmente. A Dominique De Villepin, il a emprunté la formule "Nous ne pouvons plus accepter que des vies soient comme cela rayées d'un trait de plume", alors que Nicolas Sarkozy a inspiré la phrase "J'espère que les hommes qui se sont enfermés dans l'usine seront arrêtés et condamnés lourdement."
Avec un sujet aussi polémique que la crise financière et l'origine de la délinquance, l'équipe du film n'a pas eu la vie facile pendant le tournage. Aucune usine n'a voulu céder ses locaux pour le film, et pas une seule autorisation n'a été signée pour le tournage des affrontements entre ouvriers et CRS. La production a dû improviser, filmant quelques scènes clandestinement, et composant les vues de plusieurs usines pour former un décor unique plus tard, au montage.
Alors que Clovis Cornillac était associé au projet dès la première version du scénario, il y a plus de quatre ans, les deux autres rôles principaux ont été attribués bien plus tard. C'est le réalisateur et scénariste Pascal Thomas qui a suggéré Mathilde Seigner au metteur en scène Christophe Ruggia, suggestion qui a vite été acceptée une fois que le réalisateur a regardé la prestation de la comédienne dans Rosine et Harry, un ami qui vous veut du bien. Quant à Yvan Attal, le comédien n'a rejoint le projet que deux semaines avant le début du tournage.
Puisqu'il connaissait déjà le réalisateur et que les thèmes sociaux lui tenaient à cœur, Clovis Cornillac a dit "oui" au projet très tôt. Non seulement il a accepté de jouer, mais il a également baissé son salaire et coproduit le film. Mathilde Seigner et Yvan Attal ont accepté très rapidement, voyant dans ce projet la possibilité de changer de registre : Seigner confesse qu'elle était un peu fatiguée des rôles de femmes à fort tempérament dans des comédies populaires (Camping, Camping 2), alors qu'Yvan Attal cherchait à diversifier son jeu après une suite de rôles d'hommes timides ou quasi muets (Rapt, Les Regrets).
Clovis Cornillac et Yvan Attal avaient déjà tourné ensemble dans Le Serpent, mais les deux comédiens y partageaient très peu de scènes.
La comédienne Mathilde Seigner raconte que le tournage a été plutôt "facile" et plein de fous rires, mis à part quelques moments éprouvants : "J'ai dû plonger dans une eau à 11 degrés : j'ai cru faire un infarctus et je me fracassais les genoux sur les rochers quand les bateaux passaient au large...", se rappelle la comédienne.
La bande sonore du film est très diversifiée, allant de L'envie de Johnny Hallyday ("pour son côté populaire", selon Christophe Ruggia) à Back in Black d'Amy Winehouse. En ce qui concerne les chansons originales, "noires et tristes", elles ont été composées par Michael Stevens, qui avait notamment travaillé avec Clint Eastwood dans Gran Torino et Lettres d'Iwo Jima.