Les Ruines est adapté du roman de Scott B. Smith publié aux Etats-Unis en juillet 2006. L'écrivain s'est d'ailleurs lui-même chargé de l'écriture du scénario. Un exercice auquel il est habitué puisqu'il avait écrit celui d'Un Plan simple de Sam Raimi d'après son propre roman.
C'est le comédien et réalisateur Ben Stiller qui est, avec Stuart Cornfeld, à l'origine du projet. Abonné aux comédies (Zoolander, Mon beau-père et moi) il change ici de registre et produit pour la première fois un film d'horreur.
Le réalisateur Carter Smith explique ce qui l'a attiré dans ce film : "Un film d'horreur classique, c'est une petite bande de gars et de filles qui se font décimer un à un. Ça peut être amusant, mais j'avais envie de satisfaire davantage le fan que je suis. Et l'idée qui me terrifie le plus est celle d'un organisme étranger qui prendrait possession de mon corps, qu'il s'agisse d'une tique, d'un ver... ou d'une plante carnivore. Mais cette prise possession n'est encore que l'aspect visible, matériel, de l'horreur. Celle qui nous intéresse dans Les Ruines émane des personnages eux-mêmes et de leurs comportements face au danger. Ce n'est jamais clairement énoncé, bien sûr, mais cela permet de laisser planer sur l'histoire de réjouissantes ambiguïtés."
Si l'action du film se déroule à Cancun, aucune scène n'a été tournée au Mexique. L'équipe du film a préféré tourner dans le Queensland en Australie dans des décors naturels.
La conception des créatures a été confiée au français Patrick Tatopoulos, qui s'était déjà illustré dans le domaine sur Independence Day, Je suis une légende ou encore 10 000.
La création de la principale plante carnivore a mobilisé près d'une douzaine d'artistes et techniciens.