Shinobi est l'adaptation d'un roman intitulé Koga Ninpo-cho (littéralement Les Parchemins ninja du clan Koga) écrit par Futaro Yamada. Ce dernier, ancien étudiant en médecine a conquis le public avec ses intrigues policières et ses histoires sur les ninjas. D'ailleurs, c'est lui qui façonnera le mythe moderne des ninjas tel que nous le connaissons. Il participera en tant qu'auteur aux mangas Basilisk adapté directement de son roman, et dont l'illustration est confiée à Masaki Segawa. Le roman sera par la suite adapté en série animée également intitulée Basilisk , par la société de production Gonzo. La production de la série avait démarré en 2005 en même temps que celle du film.
C'est la première fois dans l'histoire du cinéma japonais, qu'un film a été majoritairement financé par des particuliers ! Ainsi un milliard de yens du budget total (1,5 milliard de yens) proviennent des investisseurs privés et des fonds de films généraux. Les cinéphiles japonais qui ont investi au minimum 100 000 yens, ont eu en échange l'opportunité de suivre le développement du film en exclusivité, de bénéficier des places à l'avant-première, des images inédites, ou alors d'un DVD spécialement édité pour eux !
Shinobi, qui met en scène l'affrontement entre deux clans ennemis, reprend la véritable histoire du clan Koga et du clan Iga qui se sont opposés pendant plusieurs années. Néanmoins, le réalisateur Ten Shimoyama a donné à cette histoire une tournure fantastique avec ses héros aux pouvoirs surnaturels.
A l'époque, le terme shinobi était employé pour désigner un ninja, guerrier espion dans le Japon Médiéval. L'existence des ninjas remonterait à l'époque Yamato (IV ème au VI ème siècle). Ils étaient au service des plus puissants, dont les seigneurs féodaux, et avaient une mauvaise réputation auprès du peuple en raison de leurs activités criminelles.
Dans le clan Koga, les héros sont Hyoma, un non-voyant capable de prévoir les évènements et de lire dans les astres, Kagero, un shinobi dont le corps sécrète un poison mortel, Saemon, capable de prendre l'apparence d'une personne ou se confondre dans le paysage. Quant au clan Iga, nous pouvons trouver Oboro, dont les yeux abritent un pouvoir qui surpasse celui des autres, Tenzen, un immortel également conseiller du chef Ogen, et enfin Yashamaru, expert dans l'art de découper ses victimes avec des fils d'acier tranchant comme le rasoir.
Des techniques innovantes ont été utilisées dans le film, et notamment celle de la Capture Motion. Cette dernière consiste à capturer des mouvements d'acteurs humains pour les transposer sur un squelette virtuelle en 3D afin d'obtenir une totale liberté des mouvements. Ce procédé apporte un certain réalisme aux scènes et une rapidité incomparable dans les déplacements et les mouvements des personnages. Quant au concept design, il a été imaginé par Akihiro Yamada, un des plus grands illustrateurs japonais connu pour son travail sur les séries d'animation cultes, Lodoss et Les 12 royaumes.
C'est la société Kaze, éditeur de vidéos d'animation japonaise qui a acquis les droits du film. Signalons que Kaze a à son actif Le Tombeau des lucioles et Appleseed. Shinobi est ainsi sa première acquisition de film en prise de vue réelle.
Shinobi a fait le tour du monde puisqu'il est sorti aux Etats-Unis, en Australie, en Italie, en Allemagne. Il a également été présenté dans de nombreux festivals dont au New York Asian Film Festival ou au Festival International du Film Asiatique de Deauville.