Le Cercle des noyés a fait parti de la sélection officielle du Festival de Berlin en 2007.
Le réalisateur, Pierre-Yves Vandeweerd, a rencontré à plusieurs reprises des anciens prisonniers politiques négro-mauritaniens qui avaient été enfermés dans l'ancien fort colonial de Oualata. Tous avaient participé dans les années 80 à l'émergence des Forces de Libération Africaines de Mauritanie (FLAM), un mouvement de dénonciation et de revendication visant à faire respecter les droits politiques et culturels des populations noires en Mauritanie. C'est à la suite de ces rencontres, que Pierre-Yves Vandeweerd a eu l'idée de réaliser un film sur l'histoire de ces anciens prisonniers afin que celle-ci ne tombe pas dans l'oubli.
Pour la réalisation du Cercle des noyés, Pierre-Yves Vandeweerd a dû rencontrer les anciens prisonniers en cachette et sans caméra afin que ceux-ci n'aient pas d'ennuis avec le Président Ould Taya qui les avaient enfermés dans le fort de Oualata. Le réalisateur précise " pendant près de huit ans, nous nous sommes rencontrés pour nous livrer, ensemble, à ce travail de mémoire. Nous nous retrouvions souvent la nuit, au domicile de l'un ou de l'autre, pour qu'ils témoignent de leur quotidien à Oualata, du contexte politique et des événements d'alors, de leur vie après leur libération. Dans un premier temps, leurs paroles sont restées dans le registre du factuel. Par la suite, petit à petit, d'autres géographies de leurs mémoires se sont dévoilées."
Fara Bâ , ancien prisonnier, mais également narrateur du Cercle des noyés a émis le premier le souhait de voir son histoire et celle des autres prisonniers racontée sous la forme d'un film. Celui-ci précise "depuis notre libération, jamais nous n'avons été réhabilités par le pouvoir en place et rien à ce propos ne semble vouloir changer. Grâce au Cercle des noyés notre histoire ne tombera pas complètement dans l'oubli."
Le réalisateur a proposé à Fara Bâ d'écrire le scénario du Cercle des noyés avec lui et de commenter le long métrage en parlant à la première personne. Les deux hommes ont tenté d'écrire "un récit aussi sobre que possible, à la fois personnel et universel, dans lequel chaque mot serait essentiel." Pierre-Yves Vandeweerd ajoute qu'une fois achevé, "ce texte a été traduit en langue peule. Sa lecture par Fara Bâ a été enregistrée à Nouakchott, de manière clandestine. La dimension brute de cet enregistrement me semblait importante pour conférer à la narration toute sa spontanéité, son intensité aussi, ainsi que la juste distance entre le ton et son contenu."
Le tournage du Cercle des noyés s'est déroulé en deux temps. Deux fois sept semaines espacées d'un intervalle de huit mois pendant lesquels le Président Ould Taya fut renversé par un coup d'état qui permit à la Mauritanie de s'ouvrir sur la voie de la démocratie le 3 août 2005. La seconde partie du tournage fut donc beaucoup moins difficile pour l'équipe qui n'avait plus besoin de se cacher.