L'Ombre de Bogota est le premier long métrage de Ciro Guerra, un jeune cinéaste qui, né à Rio de Oro en 1981, étudia le cinéma et l'audiovisuel à l'Université Nationale de Colombie.
Ciro Guerra n'est pas un adepte des castings. "Ce que je cherche chez un acteur, explique-t-il, c'est une énergie particulière, quelque chose de profond, d'intime qui peut nourrir le personnage. Il est impossible d'observer cela lors d'une session de casting. Je crois qu'il faut connaître l'acteur personnellement pour savoir s'il est fait pour le rôle."
Le tournage s'est effectué avec un budget minimum. "Chaque personne ayant participé à la production du film a accepté de travailler sans être rémunérée parce que nous avons tous cru au projet, raconte Ciro Guerra. Nous voulions être uniquement payés si le film engendrait des profits. Une fois le tournage terminé, nous avons proposé le film dans une version non finalisée au Festival du Film de San Sebastian, dans le cadre des rencontres "Cinéma en Construction". C'est grâce au Prix que nous avons remporté que nous avons pu finir la post-production et être prêts à distribuer le film."
Pendant le tournage, Ciro Guerra et son équipe ont dû faire face à de nombreux imprévus : la caméra n'a pas fonctionné le premier jour de tournage, l'acteur principal est tombé malade après avoir bu une boisson lors d'une prise, ou encore, lors d'une journée de tournage à la montagne Monserrate, une fusillade a éclaté à côté d'eux. L'équipe a alors été contrainte de se réfugier dans la maison d'un des comédiens, car des gangs rivaux s'affrontaient à vingt mètres du plateau.
Du propre aveu de Ciro Guerra, L'Ombre de Bogota est très influencé par le travail des néoréalistes italiens, notamment par Umberto D. de Vittorio De Sica et La Terre tremble de Luchino Visconti. L'oeuvre du cinéaste cubain Tomas Gutierrez Alea a également été une grande source d'inspiration pour le réalisateur.
Le tournage s'est déroulé dans les villes colombiennes de Barbosa, Bogotá, Itagüí, Medellín, Santa Fé de Antioquia et Venecia.
L'Ombre de Bogota a été sélectionné pour concourir aux Oscars 2006 dans la catégorie Meilleur film étranger. Ce long métrage a par ailleurs remporté le Prix du public au Festival de Toulouse en 2005.