Jacques-Rémy Girerd a eu des difficultés pour boucler le financement du film. L'aide financière de Luc Besson et d'Europacorp a permis d'amener de nouveaux partenaires. Puis Celluloid Dreams et un coproducteur asiatique se sont joint au projet. De plus, 10% du film a été réalisé à Turin en Italie dans le studio Enarmonia.
Le réalisateur explique qu'il a fallu six ans de travail sur Mia et le Migou : "Six années au total. Deux ans pour l'écriture qui, (...), va jusqu'au montage de l'animatique en noir et blanc. Trois ans de production lourde et le reste pour les finitions et préparer la sortie du film. Un film de cette nature nécessite de réaliser plusieurs centaines de milliers de dessins, tous faits à la main. C'est la raison pour laquelle il faut réunir des cohortes de bras et passer beaucoup de temps.Malgré la bonne volonté et l'appui de l'ordinateur, impossible d'aller plus vite."
Après La Prophétie des grenouilles, Jacques-Rémy Girerd traite à nouveau l'écologie dans Mia et le Migou. "Si l'on s'intéresse aux êtres vivants, il ne peut en être autrement. Au fond, l'écologie c'est aller chercher les atomes de sincérité au plus profond du vivant. La planète a besoin qu'on s'ajuste sur cette longueur d'onde. Que chacun puisse ressentir la présence des migous !", explique le réalisateur.
Depuis 1984, Serge Besset, professeur de musique et manager du groupe vocal Evasion, signe les musiques des films de Jacques-Rémy Girerd. Un quart de siècle qui leur permet de collaborer dans la plus parfaite osmose : "Plus besoin de beaucoup de mots entre nous. Je sais ce qu'il désire et ce qu'il n'aime pas. Jacques-Rémy aime le hautbois, les musiques rythmiques et si je devais caractériser les partitions de ses films, je dirais qu'elles traduisent la notion d'espace, d'où le choix de musiques assez larges". La musique originale de Mia et le Migou a été enregistrée à Sofia par l'orchestre national de Bulgarie sous la direction de Deyan Pavlov.
Le prénom de l'héroïne, Mia, n'a pas été choisi par hasard. Jacques-Rémy Girerd, réalisateur de Mia et le Migou, dévoile les dessous de ce prénom. "J'aime depuis très longtemps ce prénom. En fait quand j'avais seize ou dix-sept ans, j'ai rencontré une jeune suédoise qui s'appelait Mia. (...) Elle était très belle et m'a aidé à réviser mes cours d'anglais pour préparer le bac. Je ne l'ai jamais revue mais son image est restée gravée dans ma tête ainsi que son prénom. Lorsque j'ai cherché le prénom de la petite héroïne de mon film, j'ai repensé à cette histoire et ce prénom m'a paru tout choisi. Très court, très belle sonorité, très féminin. En plus il est compréhensible par tout le monde sur la planète, en Asie, en Europe, en Amérique, dans les pays du nord, ceux du sud...".
Même si la forme est enfantine, Mia et le Migou n'est pas exclusivement destiné aux enfants. Le fond du film fait référence à des problèmes que les adultes connaissent bien : la cupidité et la destruction de la forêt amazonienne.
Mia et le Migou n'est pas seulement un film d'animation. C'est également, chez Milan, un album illustré, un livre documentaire, un roman pour petits et grands et un livre de coloriage. C'est aussi une bande-originale, dont le générique de fin est interprété par Olivia Ruiz et Mickey 3D. C'est enfin une exposition de 20 planches couleur destinée au grand public et visible dans les cinémas, bibliothèques, etc. Et si tout ceci ne vous suffit pas, retrouvez une aventure inédite de Mia dans le "J'aime lire" (Bayard) de décembre 2008 !
De nombreux comédiens français ont prêté leurs voix aux personnages de Mia et le Migou. Parmi eux, Dany Boon, Pierre Richard, Yolande Moreau, Laurent Gamelon, Jean-Pierre Coffe ou encore Miou-Miou.