Un jour en septembre a remporté l'Oscar du Meilleur documentaire en 2000.
C'est en visionnant When we were kings sur le fameux combat de boxe de Mohamed Ali au Zaïre que Kevin Macdonald eut l'idée de réaliser un documentaire. "Passionné de sport, explique le cinéaste, j'ai immédiatement eu envie de faire un documentaire dans la même veine, en utilisant le style et la musique de l'époque. Je me souvenais vaguement des JO de Munich. Seuls me restaient en mémoire les athlètes israéliens, les terroristes et le sentiment de terreur. Je trouvais incroyable de ne pas savoir ce qui s'était réellement passé."
Du propre aveu du cinéaste, la plus grosse difficulté dans la réalisation de ce documentaire a été de recueillir les témoignages. "En Israël, les interviewsn'avaient rien de compliqué, explique Kevin Macdonald, les gens avaient envie de s'exprimer dès le début. Ankie Spitzer (la veuve du coach de l'équipe d'escrime tué dans l'attentat) et sa fille Anouk nous ont beaucoup aidés pour convaincre les plus réticents. En revanche, cela a été beaucoup plus long et compliqué pour l'interview de l'ancien chef du Mossad, Zvi Zamir. Il avait été envoyé à Munich pour suivre les événements et ce qu'il y a vu l'a tellement traumatisé qu'au départ, il ne voulait pas s'exprimer sur le sujet."
Le réalisateur rencontra le même obstacle en Allemagne, où les principaux intéressés n'avaient pas envie de témoigner. Il a fallu à la production presque un an pour obtenir un entretien avec le Ministre de l'Intérieur allemand, Hans-Dietrich Genscher, qui n'avait jamais parlé publiquement de Munich. Ce dernier a fini par accepter l'interview mais arefusé d'aborder certains sujets.
Pour obtenir une interview de Jamal Al Gashey, le dernier terroriste survivant - un exploit en soi -, Kevin Macdonald a d'abord tenté de passer par le Front de Libération Palestinien, mais en vain. C'est par une suite de rencontres fortuites qu'il a fait la connaissance d'un Palestinien qui avait grandi avec les terroristes dans le camp de Chatila à Beyrouth. Cet homme lui a confirmé qu'un seul terroriste était encore en vie, Jamal Al Gashey. Plusieurs rencontres ont été organisées puis annulées au dernier moment.
Finalement, en mai 1998, Jamal Al Gashey a voyagé jusqu'à Aman, pour faire l'entretien. "Il était extrêmement paranoïaque, explique le cinéaste. Nous avons tourné pendant plus de huit heures pour avoir seulement 30 minutes d'interview utilisables."
La date de sortie française - le 25 janvier 2006 - d'Un jour en septembre coïncide avec celle de Munich, un drame de Steven Spielberg sur les représailles du Mossad à l'égard des onze représentants de l'organisation terroriste Septembre Noir désignés comme responsables de l'attentat de Munich.
Pour les images d'archives qui tiennent une place prépondérante dans le film, le producteur Arthur Cohn a contacté la société qui possédait les archives officielles tournées en 35 mm et prises par huit réalisateurs pendant les Jeux Olympiques de 1972. La Fédération d'athlétisme amateur de Los Angeles a également offert son aide. Kevin Macdonald et son acolyte ont reçu énormément d'images provenant du monde entier. "Mais nous étions déterminés à toutes les visionner, afin d'en extrairele meilleur", explique le réalisateur.
Un jour en septembre présente également des photographies de Raymond Depardon qui était présent à Munich en qualité de photographe de presse.