Se sentant coupable de la mort accidentelle de son frère, un gardien de cimetière se retrouve régulièrement face au fantôme de celui-ci. Il rencontre une jeune femme disparue en mer et se demande s'il s'agit aussi d'une apparition ou si elle est réelle.
T.S. Spivet, vit dans un ranch isolé du Montana avec ses parents, sa soeur Gracie et son frère Layton. Petit garçon surdoué et passionné de science, il a inventé la machine à mouvement perpétuel, ce qui lui vaut de recevoir le très prestigieux prix Baird du Musée Smithsonian de Washington.
Lorsque Jules, un garçon de 9 ans atteint d’une maladie rare, déménage avec sa mère et ses frères et sœurs chez son oncle à la campagne, il décide de partir à l’aventure à la recherche d’un remède avec sa nouvelle mystérieuse amie, Asha.
Stanley est condamné à plusieurs mois de détention pour un crime qu'il n'a pas commis. A Camp Green Lake, il est forcé par la redoutable directrice de creuser des trous. Stanley se demande bientôt s'il n'y aurait pas quelque chose à déterrer...