Le Muséum d'Histoire Naturelle renferme dans ses murs un secret mystérieux et stupéfiant que Larry, nouveau gardien de sécurité, ne va pas tarder à découvrir avec affolement : la nuit, toutes les expositions prennent vie !
Charlie, issu d'une famille pauvre, ne peut s'offrir les bonbons dont raffolent les enfants de son âge. Pour obtenir son comptant de sucreries, il participe à un concours organisé par Willy Wonka, l'inquiétant propriétaire d'une fabrique de chocolat.
Dans l'Amérique de la prohibition, Fat Sam, chef de gang et tenancier d'un club clandestin, engage Bugsy Malone, petite frappe et dragueur à ses heures perdues. Ensemble, ils déclarent la guerre à Dan le Dandy et sa bande, détenteurs d'une arme secrète invincible : une mitraillette à crème pâtissière.