Dans un lointain futur, les Colonies, dans leur soif d'indépendance, se heurtent à l'impérialisme de la Fédération Terrienne. L'escalade de violence du conflit armé qui s'en suit pousse la Fédération à construire un nouveau type de mobile suits, les Gundam X, des machines de destruction à la puissance inégalée. L'utilisation de leur Canon Sattelite, arme ultime alimentée par micro ondes provenant d'une base lunaire, forçe les Colonies à un geste desespéré : celle-ci s'écrasent sur Terre provoquant la mort de milliards d'êtres humains et la destruction de toute civilisation... 15 ans plus tard, le monde commence à peine à se reconstruire. Les mobile suits, en trés petit nombre, ne sont plus utilisé que par les Vultures, des brigands aussi affamés que les poches de survivants de la guerre. Garoad Ran, un jeune orphelin vivant de rapine, est engagé pour sauver une certaine Tifa Adil, kidnappée par des Vultures. En la délivrant, il met la main sur une commande de mobile suit qu'il emporte pour se faire un peu plus d'argent, mais les bandits les découvent et se lancent à leur poursuite jusqu'à une ancienne usine de Gundam. Là, Garoad découvre un GX-9900 Gundam X qu'il est contraint de piloter pour échapper à leur poursuivant...